La temporada 1988-89 de Tercera División de España - Grupo IV era el cuarto y último nivel nacional de las Ligas de fútbol de España para los clubes del País Vasco, se encontraba por debajo de la Segunda División B.
En esta temporada no se presentó ninguna modificación en el sistema, manteniendo lo establecido en la temporada anterior.[2]
Los 20 equipos compiten en un único grupo, que se enfrentan a doble vuelta, una vez en casa y otra en el campo del equipo rival, todos contra todos.
En esta temporada únicamente se otorgaba un ascenso por grupo a Segunda División B, el cual recayó en el campeón del grupo.
Los tres últimos clasificados descendieron a Regional Preferente. Pudieron presentarse descensos adicionales si el número de equipos que fueron relegados desde la categoría superior superaron al número de equipos ascendidos desde esta división.