En 2003, en entrevista recogida por [[Europa Press]] afirmó que: "El proceso de paz con ETA es imposible, ETA no cambiará nunca porque ETA es lo contrario de la paz. ETA es una organización política que además de ser terrorista tiene el proyecto de ruptura de España. Las organizaciones totalitarias no evolucionan nunca, ETA no puede cambiar por su propia naturaleza, por eso ETA y paz son imcompatibles".<ref>[http://www.lukor.com/not-esp/terrorismo/portada/06030303.htm Mayor Oreja acusa al Gobierno de iniciar la 'legitimación' de ETA, al tiempo que la banda se prepara para negociar]</ref>
En una entrevista a ''[[La Voz de Galicia]]'' en octubre de 2007,opinó<ref>[http://www.lavozdegalicia.es/espana/2007/10/14/0003_6226393.htm «¿Por qué voy a tener que condenar yo el franquismo?»]. Entrevista de Enrique Clemente a Jaime Mayor Oreja, publicada el 14 de octubre de 2007 en ''[[La Voz de Galicia]]''.</ref> y en relación con la [[Ley de la Memoria Histórica]] se negó reiteradamente a condenar el [[franquismo]]. En sus respuestas al entrevistador, justificó su negativa en que el franquismo "forma parte de la historia de España", "representaba a un sector muy amplio de españoles" y "muchas familias [...] lo vivieron con naturalidad y normalidad". Contrapuso también el franquismo al nazismo al afirmar que, mientras que en la Alemania Nazi habría habido un único "verdugo", durante el franquismo hubo dos "bandos que reprimían", al ser fruto de una [[Guerra Civil Española|guerra]] en la que había habido dos bandos. Finalmente, afirmó también que la Guerra Civil fue mucho peor que la dictadura franquista en el País Vasco, describiéndola como "una situación de extraordinaria placidez".
Su ideología fue fundamental en el pensamiento político de [[María San Gil]] su sucesora al frente del PP vasco.
