Della Rovere tenía un gran rival en el seno del colegio cardenalicio, el cardenal [[Rodrigo Borgia]], más tarde papa [[Alejandro VI]] (1492–1503) a la muerte de [[Inocencio VIII]]. Della Rovere, que también aspiraba a ser papa, acusa a Borgia de haber sido elegido mediante [[simonía]] y gracias a un acuerdo secreto con el cardenal [[Ascanio Sforza]]. Tras esta disputa, se refugia de la ira de [[Alejandro VI]] en [[Ostia]] y meses más tarde marcha a [[París]], donde incita al rey [[Carlos VIII de Francia|Carlos VIII]] (1483–98) a intentar la conquista de [[Reino de Nápoles|Nápoles]]. Acompañando al joven rey en su campaña militar, entra con él en [[Roma]] y trata de convocar un concilio que investigue las acciones del papa [[Alejandro VI]] y, eventualmente, lo deponga. Sin embargo, el papa Alejandro se había ganado el favor de un ministro del rey francés, [[Briçonnet]], al ofrecerle la dignidad de cardenal, con lo que consigue detener las maquinaciones de su enemigo.
[[Alejandro VI]] muere en [[1503]] debido probablementa a la [[malaria]], aunque se especula que pudo ser envenenado. Su hijo, [[César Borgia]], también cae enfermo por esas fechas. El cardenal [[Pío III|Piccolomini]] de [[Siena]] es consagrado como nuevo papa bajo el nombre de [[Pío III]], aunque della Rovere no apoya esta candidatura. De cualquier forma, el anciano Piccolomini fallece poco después. Della Rovere es elegido [[papa]] bajo el nombre de [['''Julio II''']] el [[31 de octubre]] de [[1503]] en el [[cónclave]] más breve de la historia, de tan sólo unas pocas horas de duración. Obtuvo 35 de los 38 votos posibles, incluidos los de los 11 cardenales españoles que, desaparecido [[Alejandro VI]], todavía obedecían las órdenes de su hijo [[César Borgia]].
