En el año [[2006]], tras la convocatoria para los cupos de la [[Segunda división peruana|Segunda División]], el club se presentó a ésta, logrando obtener una de las dos vacantes. Pero como las bases de la convocatoria establecían que sólo podían obtener los cupos equipos de ciudades donde no haya fútbol profesional, Minero tuvo que cambiar de sede a la ciudad de [[Huancayo]], donde jugó todo el [[2006]].
En el año [[2007]] retornó a jugar de local en [[Distrito de Matucana|Matucana]], consagrándose subcampeón de la [[Segunda División de Perú|segunda promocional]] y obteniendo el derecho a jugar un partido de revalidación frente al [[Sport Águila]]. Este partido le fue favorable, por lo que logró su ascenso a la [[Liga Peruana de Fútbol|Primera División]]. Descendio a Segunda Division en el [[2008]] tras perder un partido de desempate con el [[Juan Aurich]].
En el año [[2007]] retornó a jugar de local en [[Distrito de Matucana|Matucana]], consagrándose subcampeón de la [[Segunda División de Perú|segunda promocional]] y obteniendo el derecho a jugar un partido de revalidación frente al [[Sport Águila]]. Este partido le fue favorable, por lo que logró su ascenso a la [[Liga Peruana de Fútbol|Primera División]]. El torneo apertura lo jugó con un equipo en el que ningún jugador era el gran referente, debido a que la mayoría de futbolistas ya habían sido contratados por otros equipos, razón por la cual terminó último. El torneo clausura sería distinto ya que jugadores como Juan Flores, Nick Montalva, Natalio Portillo y Renzo Benavides se incorporaron al club, además dejó de jugar en Huancayo y se trasladaron a su ciudad de origen: Matucana. El equipo mejoró notablemente, de local venció en su primer partido 2-0 a Melgar y apabulló 5-0 a Sport Boys, De visitante venció a Alianza Lima y desde entonces la gente acudía al estadio a alentar en todos los partidos. Pero faltando 4 fechas para que concluya el campeonato y con 6 puntos de ventaja sobre Juan Aurich, el equipo que dirigía José "Chepe" Torres perdió en casa ante Sporting Cristal, luego cayó de visita 3-2 ante Bolognesi que también estaba comprometido con el descenso, siendo alcanzado por el equipo chiclayano en la tabla acumulada. En la penúltima fecha Bolognesi empató de visita con Cienciano y Alianza Lima derrotó a Sporting Cristal, por lo que Juan Aurich y Atlético Minero debían ganar para evitar que tacneños y victorianos se salven de la baja. Aurich goleó a Alianza Atlético y Atlético Minero empató 2-2 con Sport Ancash. De esta forma Alianza Lima y Bolognesi quedaron completamente salvados del descenso, ya que el único equipo al que los de Matucana podían alcanzar en la última fecha era a Juan Aurich. En la última fechaAtlético Minero derrotó de local 1-0 a Alianza Lima con gol de Nick Montalva en los últimos minutos, mientras que en Trujillo Juan Aurich empató 0-0 con César Vallejo. Ambos equipos tenían que ir a un partido extra que se jugaría en Matute. Juan Aurich ganó 2-1 y Atlético Minero descendio a Segunda Division. Actualmente es uno de los equipos sensación del torneo junto a Deportivo Municipal, Sport Boys y Atlético Torino.
