Durante un recuerdo de Jiraiya, Se ve como Minato alaba el libro de su maestro (que no tiene nada que ver con la colección Icha Icha) y le gusta tanto el protagonista de la obra que decide ponerle su nombre a su hijo y nombrar a Jiraiya como padrino de Naruto.<ref name="manga382">Capítulo 382 del manga '''Naruto'''</ref>
En la pelea de Naruto y Pain, Naruto rompe el sello de su estomago y causa la liberación de las 98 colas. Luego de esto ante la confusión y desesperación de Naruto por las palabras de Pain, el Kyubi se aprovecha y lo incita a romper el sello totalmente a lo que el accede desesperadamente. Cuando estaba a punto de hacerlo aparece el mismísimo Yondaime Hokage ante el asombro de Naruto y la cólera del Kyubi, explicando que él habia sellado al Kyūbi de forma tal que apareciera en la mente de Naruto cuando 8 colas hayan sido liberadas, le dice al Kyubi que esperaba no verlo nunca más, y dice que se encuentra feliz por ver a su hijo crecido aunque sea en una circunstancia como la actual.<ref name="manga439">Capítulo 439 del manga '''Naruto'''</ref> Luego le revela a Naruto que el es su padre, y aunque este se siente feliz, le reclama a su padre por haber encerrado al Kyubi dentro de el. Minato le pide perdón a Naruto, diciéndole que solo el puede realizar la misión que le dejó Jiraiya de eliminar el odio del mundo. Vuelve a realizar el sello del Kyubi en Naruto para detener la transformación, y después de esto desaparece, advirtiendo a Naruto que iba a ser la última vez que realizara el sello.<ref name="manga440">Capítulo 440 del manga '''Naruto'''</ref>
