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En [[1988]] el [[Papa]] [[Juan Pablo II]] lo nombró [[obispo]] auxiliar de [[Ayacucho]]. Su consagración episcopal fue el 3 de julio de ese año en la Basílica [[Catedral de Lima]], recibiéndola de manos del entonces Arzobispo de Lima, el cardenal [[Juan Landázuri Ricketts]].
En [[1997]], tras retirarse, por límite de edad, el anterior Arzobispo de Ayacucho, [[Federico Richter]], Cipriani es nombrado arzobispo de esa ciudad. Ayudó a la recuperación de muchas iglesias ayacuchanas, reabrió el Seminario Mayor de Huamanga, cerrado durante muchos años, y recuperó la celebración de la [[Misa]] todos los domingos en la Catedral; pues su labor episcopal la desempeñó durante la época del terrorismo en esa zona. Sin embargo se le reprocha su supuesto comportamiento deal negarle asistencia a las personas que fueron víctimas de la violencia. En esos tiempos, también fue nombrado mediador durante la crisis de los rehenes en la residencia del Embajador de [[Japón]] en la que actuó como espía.{{Añadir referencias}}
El Papa [[Juan Pablo II]] hizo público su nombramiento como [[Arzobispo de Lima]] y Primado del [[Perú]], el [[9 de enero]] de [[1999]]. El [[30 de enero]] se realizó la ceremonia de toma de posesión en la [[Catedral de Lima]]. A ella asistieron todos los representantes del episcopado peruano, todos los sacerdotes de Lima y de otras partes. Luego, el [[29 de junio]], recibió el [[Palio]] Arzobispal en [[Roma]] por segunda vez (la primera vez había sido tras su nombramiento como Arzobispo de Ayacucho), de manos del Papa [[Juan Pablo II]].
En mayo del [[2001]], [[Juan Pablo II]] lo incorpora como miembro de la Congregación para las Causas de los Santos y lo ratifica en la Congregación para el Culto Divino y la Disciplina de los Sacramentos en el Vaticano.
Bajo su dirección en la [[Arquidiócesis de Lima]] se restauró la antigua costumbre de la celebración de la Santa [[Misa]] en la Basílica [[Catedral de Lima]] todos los domingos a las 11 de la mañana. Destaca, en el tiempo que Ciprani lleva al frente de dicha Arquidiócesis, el aumento de vocaciones sacerdotales, que ha permitido aumentar el clero diocesano en diversas parroquias de la ciudad., al grado de llegar a cambiar a los sacerdotes existentes de las parroquías por miembros del Opus Dei. Ha sido el impulsor de la restauración y puesta en valor arquitectónico de la Catedral capitalina.
=== Muerte y elección del Papa ===
Fue nombrado mediador en el caso de la toma de residencia la embajada de Japón en Lima, donde 14 emerretistas capturaron violentamente el 17 de diciembre de 1996 un enorme número de rehenes.
Hizo sinnúmerosin número de misas con la colaboración de [[Juan Julio Wicht]] [[S.J.]], quien pese a ser liberado prefirió quedarse como rehén. Luego de concretarse la [[Operación Chavín de Huantar]], en conferencia de prensa mostró su frustración porque no hubiera habido una solución pacífica.
== Controversias ==
Cipriani ha sido centro de muchas polémicas y críticas por parte de grupos de centro e izquierda, además de organizaciones defensoras de los derechos humanos. EventosHechos polémicos relacionados conde Cipriani incluyen:
* El enfrentamiento que pretende crearcon el [[jesuita]] [[Luis Bambarén Gastelumendi]], obispo Emérito de [[Chimbote]], desde quecuando este era Presidente de la Conferencia Episcopal Peruana.<ref>[http://peru21.pe/impresa/noticia/bambaren-le-pide-cipriani-que-si-no-denuncia-se-calle/2008-09-01/223368 Bambarén le pide a Cipriani que si no denuncia, se calle. Perú21, 1 de septiembre de 2008.]</ref><ref>[http://www.connuestroperu.com/index.php?option=com_content&task=view&id=2842&Itemid=31 Escaramuza Bambarén-Cipriani por derechos humanos. Con Nuestro Perú, 1 de septiembre de 2008.]</ref>
* Su pretendida costumbre de hacer proselitismo politico desde el púlpitopulpito, haciendo supuesto aprovechamiento deaprovechando su posición como máximo representante de la Iglesia Catolica en el Perú.
* Su rechazo a la participación del Centro Carter como observador en los comicios del año 2000.
* Según el Informe Final CVR se expresó en favor de la [[pena de muerte]] a [[Abimael Guzmán]]. Ver la página 418 del Informe Final CVR.
* Su supuesta cercanía con el gobierno de [[Alberto Fujimori Fujimori]] (1990-2000), al que habría defendidodefendió en varias ocasiones de las acusaciones de sus opositores. Incluso el conocido escritor [[Mario Vargas Llosa]] escribió fuertes críticas a la actitud del Arzobispo de Lima en la revista Caretas en diciembre del 2002.<ref>Joaquim Ibarz, Entrevista a Mario Vargas Llosa, escritor y ex candidato a la presidencia de Perú., La Vanguardia, Barcelona, 5 de abril de 2001. Texto completo [http://www.geocities.com/awcampos/vista38.html aquí.]</ref><ref>[http://www.elpais.com/articulo/opinion/Cobardia/e/hipocresia/elpepiopi/20021208elpepiopi_7/Tes/ Mario Vargas Llosa, Cobardía e hipocresía, El País, Madrid, 8 de diciembre de 2002.]</ref>
* Según el Informe Final CVR , habría respaldadorespaldó la amnistía otorgada a miembros del [[Grupo Colina]] durante el régimen de Fujimori. Ver Expreso y El Peruano 18-6-95.[http://4.bp.blogspot.com/_DKaD1Z8LhN8/STz1uD_RIfI/AAAAAAAAAFQ/BCETulHR0tM/s1600-h/EP+18jun1995+Derechos+Humanos.jpg]
* Según el Informe Final CVR, en la puerta del Arzobispado de Ayacucho se habría colocadocolocó en una pizarra "No se aceptan reclamos sobre derechos humanos", y cuando un jesuita le llevó a los familiares del señor Mansilla, desaparecido por el ejército, se molestó y no los atendió. Tildó a un jesuita de "terrorista" por el sólo hecho de enseñar en la universidad de Ayacucho. Ante ello, en una entrevista de abril de 1993, en El Peruano, le preguntan: «P. ¿Qué opina sobre aquellas denuncias de violaciones sistemáticas de los derechos humanos? R. Yo creo que estos organismos abusan y manipulan el concepto de derechos humanos. En segundo lugar, quien hace una denuncia debe firmarla e identificarse. Normalmente estas instituciones utilizan documentos que no tienen ni firma ni identificación de nadie… Lo que yo sostengo es que la proporción de errores o de abusos de los derechos humanos no es tal como anuncian estos organismos. Actualmente hay directivas claras que velan por el respeto a los derechos humanos, y por parte de la Iglesia hay un apoyo total para tratar de ayudar a aquellas personas que ni tienen medios para aclarar su reclamo. P. ¿Ha recibido denuncias sobre desaparecidos? R. Si, pero en muchos casos se ha comprobado que se trata de gente que ha huido o que se ha enrolado en la subversión, e incluso, es posible que en algún enfrentamiento haya caído. No los hemos identificado. No es ese mi papel. No es común en mi arquidiócesis recibir denuncias sobre abusos, sin embargo, es curioso, me llegan de Austria, de Alemania, Bélgica, Inglaterra; cuatro o cinco cartas con una fecha muy similar de denuncias. Uno ve que existe claramente una campaña, un montaje. Esto no es honrado, no es transparente» (EP 28.4.93). Ver Informe Final CVR, página 427.
* Su desacuerdo con la actividad de organizaciones de derechos humanos que, desde su perspectiva, entorpecen la labor pastoral y solamente viven para provocar juicios contra el Estado. La [[Comisión de la Verdad y Reconciliación]] (CVR), luego de destacar el papel de la Iglesia durante el periodo de violencia, hace el siguiente comentario:<ref>{{cita web|url=http://www.cverdad.org.pe/ifinal/pdf/TOMO%20III/CAPITULO%203%20-%20Org%20Sociales%20frente%20al%20conflicto/3.3.LA%20IGLESIA%20CATOLICA%20Y%20LA%20IGLESIA%20EVANGELICA.pdf|título=Informe final de la CVR - 3.3.La Iglesia Católica y la Iglesia Evangélica}}</ref>
{{cita|"Hay que hacer aquí una grave excepción: la del entonces arzobispo de Ayacucho, monseñor Juan Luis Cipriani, quien repetidamente se pronunció en contra de la actividad de la Coordinadora Nacional y a los organismos de defensa de los derechos humanos en general."|CVR - Informe final. 3.3.La Iglesia Católica y la Iglesia Evangélica}}Cipriani a su vez ha criticado a la CVR en estos términos:<ref>http://www.agenciaperu.com/actualidad/2003/agos/cipriani_cvrinf.htm Agencia Perú - Cipriani: "No acepto informe de la CVR por no ser la verdad"</ref>{{cita|"Rechazo totalmente el prejuicio que han hecho sin consultar a alguien que tuvo la responsabilidad de estar al frente de la iglesia de Ayacucho, cuando esto significaba permanente amenaza de muerte. Todo esto no ha sido reconocido, se ha hecho una interpretación pequeñita. No lo acepto por no ser la verdad"|Cardenal Juan Luis Cipriani Thorne, 30 de Agosto del 2003.}}
* Sobre el Museo de la Memoria declaró el 6 de marzo del 2009 "no es cristiano,ni ayuda a la reconciliación entre peruanos un Museo de la Memoria",.<ref>http://www.elcomercio.com.pe/noticia/255722/cipriani-no-cristiano-ni-reconciliatorio-construir-museo-memoria en- referencia a queCipriani "no es pertinentecristiano" abrirni unreconciliatorio espacioconstruir tanMuseo polémicode cuandola las heridas aún están abiertas.Memoria</ref>
* Disputa con la Asamblea Universitaria de la Pontificia Universidad Católica del Perú el control de la misma. Sostiene que un representante suyo debe participar en el gobierno de dicho centro de estudios puesto que así lo dispuso el difunto José de la Riva Agüero, principal benefactor de universidad, que donó todas sus propiedades a la universidad, pero bajo la supervigilancia de una Junta Perpetua de dos miembros, uno de ellos designado por el Arzobispado. Las autoridades de la PUCP se oponen a sus propósitos porque consideran que una Junta Perpetua lesiona el goce de la propiedad de la PUCP, derecho fundamental al que debe ajustarse la disposición testamentaria. Se estima que el objetivo de Cipriani no solo es cautelar el legado de Riva Agüero sino el control ideológico de dicho centro de estudios, caracterizado por su apertura a la heterodoxia católica y al pluralismo y otras doctrinas que se consideran peligrosas para el conservadurismo en la Iglesia.<ref>http://www.poder360.com/article_detail.php?id_article=1983</ref>
== Bibliografía ==
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