Alojada inicialmente en [[Wikilibros]], se iniciaron varias versiones en distintas lenguas sin aprobación oficial. En la versión inglesa algunos usuarios propusieron su borrado.<ref>[http://en.wikibooks.org/wiki/Wikibooks:Votes_for_deletion/Wikiversity Propuesta de borrado de la Wikiversidad en la versión inglesa de Wikilibros] (inglés)</ref> Esto aceleró el proceso de discusión para intentar crear un proyecto autónomo de Wikilibros.
Una votación en Meta<ref>[http://meta.wikimedia.org/wiki/Wikiversity/Vote/es Votación en Meta para consultar a la comunidad de Wikimedia la aprobación o no de la Wikiversidad como proyecto de Wikimedia] (inglés)</ref> mostró que la propuesta era apoyada por una mayoría de usuarios. No obstante un grupo significativo de escépticos explicó sus dudas, sus críticas y sus miedos. Por ejemplo que los proyectos de Wikimedia, especialmente wikilibros, no están todavía lo suficientemente desarrollados para acoger algo de esta envergadura. También algunos criticaron que los contenidos de la Wikiversidad se solaparían con los de Wikilibros, así como que la Wikiversidad requeriría un software del que de momento MediaWiki carece y no parecía haber ningún desarrollador dispuesto a implementar esas modificaciones del software.
La Junta<ref>[[meta:Board of Trustees|Junta de administración de Wikimedia]] (inglés)</ref> decidió no aprobar el proyecto mientras no se modificasen algunos aspectos de la visión propuesta. Tras largas discusiones y con la ayuda de una subcomisión creada por la Fundación para definir de forma más clara las finalidades de esta propuesta, se elaboró una propuesta modificada.<ref>[[:en:v:Wikiversity:Approved_Wikiversity_project_proposal|Propuesta modificada de la Wikiversidad]] (inglés)</ref> Con esta segunda propuesta, [[Jimmy Wales]] anunció en la apertura de [[Wikimanía]] 2006<ref>[http://www.supload.com/listen?s=SI0OG2vN04i Discurso de bienvenida] (inglés), Jimbo Wales, [http://wikimania2006.wikimedia.org/wiki/Main_Page Wikimania 2006]</ref> que el consejo de administración de la Fundación había aprobado la creación de este proyecto.<ref> [http://wikimediafoundation.org/wiki/Resolution_Wikiversity La resolución de la Junta de la Fundación en que se aprueba la Wikiversidad] (inglés)</ref> El [[15 de agosto]] de 2006 se lanzó el dominio de la versión inglesa,<ref>[http://en.wikiversity.org/w/index.php?title=Wikiversity:Main_Page&dir=prev&action=history Primeras ediciones en la portada del portal inglés de la Wikiversidad]</ref> y el [[24 de agosto]] el de la versión alemana.
El 16 de octubre de 2006 la [[Wikiversidad]] en español recibe dominio propio en http://es.wikiversity.org.
