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Como en ''Seasons'', la [[Trifuerza]] llama a [[Link (The Legend of Zelda)|Link]]. Link es transportado a un bosque en la tierra de Labrynna, donde escucha unos gritos. En un claro del bosque, encuentra a una mujer rodeada de monstruos. Cuando los monstruos ven a Link, se dispersan en todas direcciones. La mujer es la [[aya]] de la Princesa Zelda, [[Impa (videojuegos)|Impa]], que le pide ayuda para buscar a una cantante.<ref name="Ages Booklet story">Manual de instrucciones de The Legend of Zelda: The Oracle of Ages, págs. 4-5.</ref> Tras andar un trecho por el bosque, encuentran a una joven con pelo azul cantando sobre el tocón de un árbol. Su nombre es [[Nayru]]. De repente, una sombra surge del interior de Impa y se presenta como [[Veran]], Hechicero de las Sombras. Veran se introduce en el cuerpo de Nayru y la posee. Más adelante se revela que Nayru es el «Oráculo de los tiempos»; su secuestro provoca un trastorno en la transición del tiempo en Labrynna.<ref name="Ages Booklet story"/>
Link recibe una espada de Impa y comienza a recorrer la región hasta llegar donde el [[Árbol Maku]] en la Ciudad Lynna, la capital de Labrynna.<ref>Tremende (Ages), p. 5.</ref> El Árbol Maku desaparecees antetransportado los ojos de Link, ya que ha sido destruído en elal pasado por los esbirros de Veran, cuandoconvirtiéndose aún eraen un meropimpollo retoñojoven incapaz de defenderse.y Link usa un agujero en el tiempo para viajar al pasado también y salvar allí al Árbol Maku, lo que le restaura en el presente. El Árbol Maku le dice a Link que necesitará las ocho «Esencias del Tiempo» para vencer a Veran. A partir de esto, Link comienza la búsqueda de las Esencias, escondidas en ocho mazmorras por todo el pasado y presente de Labrynna. Tras reunir la sexta, se le informa a Link que tendrá una oportunidad de salvar a Nayru, consistente en invadir el Castillo de la Reina Ambi y eliminar el espíritu de Veran (el cual posee ahora a Nayru). Al hacer esto, Veran posee luego a la Reina Ambi. Link consigue las Esencias restantes y las lleva al Árbol Maku, quien las usa para crear la «Gran Semilla Maku» que permite a Link entrar en la «Torre Negra» de Veran.<ref name="Tremende Ages 12">Tremende (Ages), p. 12.</ref> Link asciende a la torre y vence al hechicero, tras lo cual rescata a la Reina Ambi. Al final, Nayru le cuenta que todo ha vuelto a la normalidad.<ref>''The Legend of Zelda: Oracle of Ages''. '''Nayru:''' ¡Todo está bien en esta era! Puedes regresar sin preocuparte.</ref> Las gemelas [[Birova]], observando la situación desde la lejanía, sostienen que Veran ha encendido la «Llama de la Agonía».<ref>''The Legend of Zelda: Oracle of Ages''. '''Birova:''' ¡Atrás, Veran! ¡Los problemas que has causado han llenado la tierra de llantos de dolor! ¡De ahí ha nacido la «Llama de la Agonía», que brilla con fuerza!</ref>
=== Unión de finales ===
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