locoLa microgerencia está muy presente en ''Theme Hospital'', y puede influir en la reputación del hospital y la eficacia. El jugador debe equipar y mantener las consultas de forma que contenga lo mínimo para que los doctores puedan realizar sus tareas, y todas las necesidades de los pacientes estén satisfechas. Éstos incluyen una temperatura cómoda (ni demasiado caliente ni demasiado fría), un ambiente limpio, bancos para sentarse, el acceso a las bebidas y aseos. Además, el jugador puede tomar manualmente a miembros del personal y soltarlos donde sea necesaria su intervención (colocar a un doctor en una consulta desatendida para visitar a un paciente, o al bedel sobre un charco de vómito para que lo limpie), como sucede en [[Dungeon Keeper]]. Sin la intervención del jugador, las tareas se terminan mucho más lentamente, puesto que en muchos niveles los miembros del personal tienen que viajar desde una esquina alejada del hospital a otra. El jugador también puede colar a un paciente en una fila para una consulta o darle el alta (enviarlo a casa), para evitar una muerte en su hospital, que afecta negativamente a la reputación y niega algunas concesiones (bonus) al final del año.
La gerencia económica es también importante: El jugador puede cambiar el precio para el tratamiento en cualquier consulta, balanceando una reputación baja con precios baratos para ganar a visitantes o levantando rápidamente el dinero mientras que mantiene un número constante de las visitas debido a la alta reputación. Una táctica común, es colocar bancos y radiadores juntos, para provocar en los pacientes una sensación calurosa y forzarlos a comprar bebidas en las máquinas expendedoras.
