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La biología evolutiva se centra, desde sus inicios, en el estudio de [[Animalia|animales]] y [[Plantae|plantas]], a los cuales se considera actores de las innovaciones que han conducido a los máximos niveles de complejidad y especialización. Para Lynn Margulis estos seres superiores son comunidades de individuos inferiores capaces de sobrevivir.
Margulis formula que son las [[bacteria]]s, hasta el momento concideradas por ello, solo de interés para la [[Microbiología|bacteriología]] médica, serían las artífices de esta complejidad y de los actuales refinamientos de los diferentes organismos. A una visión de animales, plantas y, en general, de todos los pluricelulares como seres individuales, contrapone la visión de comunidades de [[célula]]s autoorganizadas, otorgando a dichas células la máxima potencialidad evolutiva. Las considera el motor de la evolución.
Margulis, que se caracteriza por buscar y valorar los antecedentes de sus trabajos, en lugar de diluir estos antecedentes acuñando nuevos términos, procura usar aquellos que ya usaran los autores de estos trabajos anteriores. Este es el caso del término «simbiogénesis» ([[Konstantin Mereschkowski]], [[1855]]-[[1921]]), que ella rescata y con el que define el núcleo central de su propuesta para la biología evolutiva.
Considera que las diferentes especies, al igual que las [[Célula eucariota|células eucariotas]] (origen de [[protista]]s, [[Animalia|animales]], [[Fungi|hongos]] y [[Plantae|plantas]]) tienen su origen en la [[simbiogénesis]]; en donde, la mayoría de las adquisiciones de caracteres de los pluricelulares seríanson producto de la incorporación [[Simbiosis|simbiótica]] de, principalmente, bacterias de vida libre.<ref>{{cita web
|url = http://www.immaculata.edu/bioinformatics/Summer_2001/Students/esehi/lynn%20margulis.htm
|título = Acceptance Doesn't Come Easy
{{cita|La simbiogénesis reúne a individuos diferentes para crear entidades más grandes y complejas. Las formas de vida simbiogenéticas son incluso más improbables que sus inverosímiles «progenitores». Los «individuos» permanentemente se fusionan y regulan su reproducción. Generan nuevas poblaciones que se convierten en individuos simbióticos multiunitarios nuevos, los cuales se convierten en «nuevos individuos» en niveles más amplios e inclusivos de integración.|Margulis, ''Planeta Simbiótico''<ref>Margulis, 2002, p. 19.</ref>}}
La simbiogénesis, tal y como la postula Margulis, lejos de ser una teoría complementaria al llamado "actual paradigma [[síntesis evolutiva moderna|neodarwiniano]]", lo contradice abiertamente; incluso implica cierta crítica a diferentes postulados de [[Charles Darwin|Darwin]] como es el gradualismo (también contestado por el [[equilibrio puntuado]]). Si el darwinismo es un proceso gradual, los procesos simbiogenéticos lo son bruscos (con lapsos de tiempo breves en relación con las magnitudes que se barajan en el proceso evolutivo de la vida); y si Darwin postulaba ese gradualismo a pesar de la ausencia de evidencias en el registro [[fósil]], argumentando lo incompleto del mismo, Margulis (al igual que [[Niles Eldredge]] y [[Stephen Jay Gould]]) considera que la ausencia de ese gradualismo en el registro no es por causa de su imperfección —por otra parte el registro se ha ido completando desde los tiempos de Darwin— sino porque los procesos de especiación son procesos puntuales, lo que coincidiría con lo registrado.<ref>
{{cita|Entre bacterias y eucariotas no hay eslabones perdidos, ni en los fósiles ni en la propia vida. La repentina aparición de las eucariotas en la escena de la evolución no fue gradual, sino genuinamente discontinua.|Margulis, ''Captando genomas'', p. 193}}</ref>
Recalca no obstante que «las revelaciones de gran parte de la ciencia más allá de su siglo, ampliadas por la biología molecular y la paleontología, son completamente coherentes con la intuición de Darwin».<ref>Margulis, 2002, p. 140.</ref>
{{cita|Darwin reconoció que todas las poblaciones, si los recursos son ilimitados, podían crecer exponencialmente. Él denominó «selección natural» a los numerosos «controles» que impiden que las poblaciones alcancen su potencial reproductor. Sin embargo, Darwin se equivocó al no reconocer el enorme impacto que el crecimiento de las poblaciones causa en el medio; que los efectos ambientales del crecimiento y del metabolismo de las poblaciones de organismos son en sí mismos potentes causas de selección natural. Al acentuar la competencia directa entre individuos por los recursos como principal mecanismo de selección, desde Darwin (y especialmente sus seguidores) se tuvo la impresión que el ambiente era simplemente un escenario estático de «naturaleza, sangre en los dientes y en las garras» (Tennyson 1898). De este modo, Darwin separó a los organismos de su ambiente. Desde las bacterias hasta las secuoyas, desde el fitoplancton hasta los castores, el crecimiento y el metabolismo de todos los organismos modifica el medio en el que viven.|Margulis, ''Una revolución en la Evolución'', cap.: ''La biota y Gaia'', pp. 209-210}}</ref>
En tanto que con el neodarwinismo, teoría respaldada actualmente por la [[comunidad científica]], plantearíaplantea un choque frontal, ya que según Lynn Margulis, este mantiene que la novedad biológica proviene de las mutaciones aleatorias (errores genéticos) y la simbiogénesis propone que una gran parte de las características de los organismos proceden de la interacción de estos organismos, principalmente, con bacterias.
Para poner un ejemplo de los dos modelos, el neodarwinista y la simbiogénesis, traeremos la evolución del ojo (evolución tan traída y llevada por aquellos que han querido desacreditar el evolucionismo o defenderlo). La explicación neodarwiniana la extraemos de Dawkins: ocurrido un error genético que proporcione al individuo la más mínima ventaja selectiva, la selección natural primaría a ese individuo y su extirpe proliferaría. Más adelante, se daría otra pequeña mejora en el mismo sentido que la anterior, producto de otro error genético, que proporcionaría al individuo otra pequeña ventaja y así sucesivamente hasta llegar al actual estado del órgano de la vista.
Cabe señalar que Margulis nunca ha cuestionado la selección natural; por el contrario, la considera necesaria para fijar las relaciones simbióticas.
==== Críticas científicas a las ideas de Margulis sobre la síntesis evolutiva moderna ====
Las críticas de la [[comunidad científica]] a los argumentos de Margulis contra la Teoría Sintética de la Evolución, argumentan que ella se desvía, en buena parte, hacia terrenos filosóficos e ideológicos, alejándose del rigor de la discusión científica propiamente dicha. La [[síntesis evolutiva moderna]] es una teoría científica que guía año tras año miles de estudios e investigaciones biológicas. Como el resto de las teorías en la ciencia, será válida en la medida en que logre explicar con éxito los fenómenos naturales, resolver problemas, resistir los intentos de refutación, y abrir nuevas y productivas vías de investigación. La ideología asociada (o supuestamente asociada) a una teoría científica resulta, en este sentido, irrelevante.
Puede argüirse que Margulis no realiza una crítica rigurosa a la Teoría Sintética, sino que presenta una crítica considerada una falacia de "[[hombre de paja]]"; una versión simplificada, caricaturizada, y errónea, de dicha teoría. Así lo parece, por ejemplo, cuando afirma erroneamenta que las mutaciones al azar son el "motor" de la evolución "neodarwinista". En realidad es la selección natural, y no las mutaciones, lo que constituye dicho "motor" principal. Precisamente otros críticos de la teoría Sintética han acusado a ésta de ser excesivamente seleccionista y no prestar suficiente atención al fenómeno de la mutación.
Por otra parte, algunas de las afirmaciones que suele hacer Margulis acerca de la aparición de [[especie]]s nuevas (que ella considera el fruto de uniones entre organismos distintos) resultan increíbles biologicamente para la mayor parte de los biólogos actuales; especialmente en lo referido a especies próximas. Existen, ya desde hace decenas de años, numerosas investigaciones sobre las diferencias genéticas entre especies próximas (que suelen ser escasas, o incluso pueden deberse a una única mutación) y sobre las causas genéticas y ecológicas de la aparición de nuevas especies. Éstas han sido estudiadas tanto en la naturaleza como en el laboratorio, y en muy diversos tipos de organismos unicelulares y pluricelulares. Por el momento, los mecanismos de la teoría sintética ([[selección natural]], [[deriva genética]], [[mutación]], etc.) parecen dar buena cuenta de este fenómeno, cosa que no puede decirse de la "simbiogénesis". Por decirlo de un modo ilustrativo, la biología evolutiva actual no necesita suponer que un oso pardo, por ejemplo, se fusionó con una bacteria (o cualquier otro organismo), y como resultado apareció el oso polar.
== Teoría Gaia ==
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