Rafael Márquez inició su carrera futbolística en el [[Atlas de Guadalajara]] ([[México]]), donde jugó entre [[1996]] y [[1999]], debutando en la [[Liga mexicana de fútbol|primera división mexicana]] con sólo 717 años. Su primer gran mentor fue el entrenador argentino [[Marcelo Bielsa|Marcelo ''"El loco"'' Bielsa]]. Tuvo una destacada temporada en el [[Torneo de Verano 1999 (México)|Torneo de Verano 99]] en su equipo Atlas, entrenado por el conocido entrenador argentino [[Ricardo La Volpe]]. Compuesto por un grupo mayoritariamente joven con Rafael Márquez a lado de jugadores como [[Miguel Zepeda]], [[Daniel Osorno]], [[Erubey Cabuto]], [[César Andrade]] y el argentino [[Hugo Norberto Castillo]] lograron llevar al Atlas a la final en contra del [[Deportivo Toluca]]. El Atlas hizo sufrir al Toluca, llevándolos a la definición por [[Tanda de penaltis|penales]]. Márquez convirtió su disparo ante el guardameta argentino [[Hernan Cristante]] pero no fue suficiente para el Atlas. Al final, el Deportivo Toluca, comandados por el paraguayo [[José Saturnino Cardozo]], se impuso en la final del Torneo de Verano 99. Márquez fué convocado a la [[Selección de fútbol de México|selección mexicana]] para disputar la [[Copa América 1999]] celebrada en [[Paraguay]]. Tuvo una actuación destacada, confirmando así, su estatus de revelación del año en México.
