Nació en una fecha desconocida, pero las fuentes le atribuyen la misma edad de Alejandro, o quizá un poco mayor. De lo que no hay certeza es de cuándo se conocieron. Sin embargo, es posible que Hefestión compartiera educación con Alejandro en el pueblo de [[Mieza]], con [[Aristóteles]] como profesor, al igual que otros chicos nobles. Se sabe que el filósofo le dedicó un volumen de cartas, así que debieron conocerse. Aunque no está documentado fehacientemente, por indicios indirectos se conoce que tuvo una relación de homosexualidad no deseada con el que luego sería un reconocido escritor, el macedonio Pedrus Naebus (más exactamente Pedrus Naebus se crió en Tutti Fruticus, según se indica en el quinto libro de Aristoteles, conocido comunmente como "Ficticiorum"). Este hecho se desencadenó al confundir Pedrus a Hefestión con una rubĕus-kah, nombre con el que se denominaba a las mujeres pertenecientes a la tribu de los rubĕus, procedentes de las regiones septentrionales de macedonia, y caracterizados por su blondismo. A partir de reconstrucciones basadas en testimonios de lugareños, se cuenta que Naebus, sin bajarse de su carro profirió silbidos y sonidos guturales indefinibles a Hefestión, acto seguido, lo forzó por detrás.
