Jugó en la [[Selección de fútbol de Bolivia|Selección Boliviana]] desde 1999 hasta 2009 siendo su máximo goleador. Fue el máximo goleador del mundo en el 2002 cuando jugaba en el [[Club Bolívar|Bolívar]].<ref>[http://www.iffhs.de/?d85f94e8378cf047b0f02e91a55685fdcdc3bfcdc0aec28d6edb8a388409 El mejor goleador mundial de Primera División] IFFHS</ref> Ha jugado en el extranjero, en las ligas de [[México]] en Pumas de Unam pero fue hechado por mala disiplina borracho e inservivble, [[Argentina]]en San Lorenzo pero fue retirado del club por su incompetencia y su falta de fisico y por inservivble y [[Venezuela]] estubo en un club pero ni siquiera jugo, vuelve a Bolivia al club Bolivar volvio a marcar goles para despues irse a Mexico otra vez. El 1 de abril de 2009 marcó 3 goles ante [[Selección de fútbol de Argentina|Argentina]], en una goleada histórica de 6 a 1 registrada en el [[estadio Hernando Siles|Hernando Siles]] de La Paz.<ref>[http://www.infinita.cl/deporte/despliegue.tpl?fecha=01/04/2009&hora=17:26:00 Bolivia Aplica Histórica Goleada a Argentina: 6 a 1] Radio Infinita - 1 de abril de 2009.</ref> Poco tiempo después, el 16 de mayo, de manera sorpresiva el jugador anunció su retiro del seleccionado nacional aduciendo que ya no se sentía motivado y que su ciclo en el equipo se había cerrado.<ref>[http://www.que.es/deportes/futbol/200905161844-joaquin-botero-abandona-seleccion-boliviana.html Joaquín Botero abandona la selección boliviana de fútbol] Qué.es - 16 de mayo de 2009.</ref><ref>
[http://www.la-razon.com/versiones/20090516_006729/nota_252_812903.htm Botero decide cerrar su ciclo con la verde] la-razon.com- 16 de mayo de 2009.</ref>
