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En junio de 2001, con motivo de la fusión de su partido con el PSOE, López Garrido ocupó un puesto en la Ejecutiva Federal. En 2004, fue nombrado secretario General del Grupo Socialista en el Congreso de los Diputados y elegido portavoz del Grupo Socialista en el Congreso en el año 2006, en sustitución de Alfredo Pérez Rubalcaba, que fue nombrado Ministro de Interior.
En abril de 2008, López Garrido fue nombrado Secretario de Estado para la UE, siendo sustituído en la portavocía del Congreso por el ex-ministro de Defensa, [[José Antonio Alonso]].
== Escándalos de corrupción ==
En la actualidad está imputado por delitos de prevaricación y malversación de fondos públicos por las ayudas otorgadas desde su Secretaria a la Fundación Alternativas, de la que fue patrono.
El magistrado, en el auto dictado el 13 de Noviembre de 2009 por el que abría la investigación, señala que los hechos denunciados, de ser ciertos, "podrían ser constitutivos de delitos de prevaricación y malversación de fondos públicos".
En concreto, el querellante, el Centro de Estudios Jurídicos Tomás Moro, acusa a López Garrido de haber incurrido en delitos de prevaricación y malversación de fondos públicos por haber otorgado desde su Secretaría de Estado dos ayudas a la Fundación Alternativas por un importe total de 78.000 euros.
En este sentido, la querella asegura que López Garrido, a pesar de haber sido nombrado secretario de Estado para la Unión Europea el 15 de abril de 2008, continuó figurando como patrono de la Fundación Alternativas hasta el pasado 24 de mayo, según los datos recogidos de la página web de la institución.
La primera ayuda objeto de la querella tuvo lugar el 22 de julio de 2008, cuando López Garrido firmó la concesión de ayudas correspondientes a ese año. Dentro de esta partida, la Secretaría de Estado otorgó 60.000 euros a la Fundación Alternativas para el análisis de los resultados de la encuesta 'Hablemos de Europa ¿qué Europa queremos?'.
Posteriormente, el 14 de mayo de 2009, López Garrido firmó una nueva resolución a través de la cual su Secretaria de Estado concedió una ayuda por importe de 18.000 euros a la Fundación Alternativas para poner en marcha el portal de Internet de título '¿Qué Europa queremos?'.
Para el Centro de Estudios Tomás Moro, la "incuestionable vinculación del querellado, pasado o presente, con la Fundación Alternativas, convierten la concesión de sendas ayudas en actos reprobables jurídicamente".
El juez Sexmero indica en su auto que procede la admisión a trámite de la querella "así como la práctica de las actuaciones necesarias para la averiguación y esclarecimiento de los hechos". Ante esta decisión cabe recurso de reforma en un plazo de tres días.
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