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En Cuenca existen numerosos museos, entre los que se pueden destacar:
* Museo de Tierra y Artes del Fuego. Se sitúa en la "Casa de Chahuarchimbana", uno de los edificios patrimoniales de la ciudad. Su nombre significa “Lugar menos profundo del río”, por situarse en uno de esos puntos, a la orilla del río Yanuncay, uno de los 4 ríos que cruzan la ciudad.
* [http://www.ubicacuenca.com/tallerdelsombrero Museo del sombrero de paja toquilla], ([[Carludovica]] palmata) también conocidos como "[[Sombrero Panamá]]". Cuenca se sitúa entre los principales fabricantes de este tipo de sombrero.
* [http://www.ubicacuenca.com/museodeartemoderno Museo Municipal de Arte Moderno]. Funciona en un edificio construido en 1876 . Esta edificación funcionó como hogar de reclusión para alcohólicos, cárcel de varones y escuela, entre las más importantes funciones que cumplió la antigua Casa de la Temperancia.
* Museo de la Antigua Catedral.
* [http://www.ubicacuenca.com/culturasaborigenes Museo de los Culturas Aborígenes]. Cuenta con más de 8.000 piezas arqueológicas.
* Museo de la Cerámica.
* Museo de los Metales.
* [http://www.ubicacuenca.com/museobancocentral Museo del Banco Central]. Data de los inicios de los años 80.
* [http://www.ubicacuenca.com/cidap Centro de Artes Populares Interamericano] - Museo del [[CIDAP]]. Fundado en el 2004, el museo posee cerca de 7.000 piezas de colección, que comprenden artesanías de varios países latinoamericanos.
* [http://www.ubicacuenca.com/museoidentidadcanari Museo de la Identidad] [[Cañari]].
* [http://www.ubicacuenca.com/casadelacultura Museo Casa de la Cultura Núcleo del Azuay]. Fundado en 1945.
* Museo de Historia de la Medicina Guillermo Aguilar Maldonado. Funciona en la antigua Escuela de Medicina de la Universidad de Cuenca.
* [http://www.ubicacuenca.com/museorct Museo Remigio Crespo Toral]. Cuenta con más de 18.000 piezas arqueológicas y cerca de 700 piezas de arte colonial.
* Museo de [[Jefferson Pérez]]. Tiene más de 200 fotos del nombrado campeón olímpico.
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