En el año [[5555552006]], Juan Vargas fue fichado por el [[Calcio Catania]] de [[Italia]],<ref>{{cita web |año = 2008 |url = http://msnlatino.espndeportes.espn.go.com/news/story?id=470581 |título = Finalmente, el peruano Juan Vargas jugará en el Catania italiano |editor = espndeportes.espn.go.com |idioma = español |fechaacceso = 5 de julio de 2008}}</ref> tras dejar de lado una oferta del [[Portsmouth Football Club|Portsmouth FC]].<ref>{{cita web |año = 2008 |url = http://www.terra.com.pe/deportes/futbol/37/37263.html |título = Podría frustrarse el pase de Vargas al Portsmouth |editor = terra.com.pe |idioma = español |fechaacceso = 5 de julio de 2008}}</ref> El monto de la venta fue de 3 millones 350 mil dólares. Su debut en Italia se produjo en un encuentro amistoso ante el [[Unione Sportiva Città di Palermo|US Palermo]], que finalizó con marcador de 5-1 a favor del Catania,<ref>{{cita web |año = 2008 |url = http://www.peru.com/futbol/AutoNoticias/futbolperuexterior/2006/08/27/detallenoticia78831.asp |título = Buen debut de Vargas |editor = peru.com |idioma = español |fechaacceso = 5 de julio de 2008}}</ref> y su debut oficial en la [[Serie A (Italia)|Serie A]], se dio el [[1 de octubre]] de [[2006]], en la quinta jornada de la temporada [[Anexo:Serie A (Italia) 2006-07|2006-07]], en un encuentro ante la [[Associazione Calcio Firenze Fiorentina|Fiorentina]], con derrota para su club por 3-0.<ref>{{cita web |año = 2006 |url = http://www.peru.com/futbol/autonoticias/FutbolPeruExterior/2006/10/01/DetalleNoticia80369.asp |título = Fiorentina aplasta al Catania |editor = peru.com |idioma = español |fechaacceso = 5 de julio de 2008}}</ref> Desde que llegó al Catania se consolidó como titular y comenzó a destacar en el fútbol italiano, siendo comparado con el futbolista [[Italia|italiano]] [[Paolo Maldini]].<ref>{{cita web |año = 2006 |url = http://www.terra.com.pe/deportes/futbol/37/37368.html |título = Presentan a Juan Vargas como el próximo Paolo Maldini |editor = terra.com.pe |idioma = español |fechaacceso = 5 de julio de 2008}}</ref> Su primer gol, lo anotó el [[31 de octubre]] de [[2007]], en un encuentro ante el [[AC Siena]], para decretar el empate final.<ref>{{cita web |autor = Andrea Ferrigno |año = 2008 |url = http://www.rsssf.com/tablesi/ital08.html |título = Italy 2007/08 |editor = rsssf.com |idioma = inglés |fechaacceso = 5 de julio de 2008}}</ref> En la [[Copa de Italia]], marcó un gol de bolea en un encuentro por los octavos de final ante el [[Associazione Calcio Milan|AC Milan]], que finalizó con marcador de 1-1,<ref>{{cita web |autor = Karel Stokkermans |año = 2008 |url = http://www.rsssf.com/tablesi/italcup08.html |título = Italy Cup 2007/08 |editor = rsssf.com |idioma = inglés |fechaacceso = 5 de julio de 2008}}</ref> permitiendo al Calcio avanzar hasta la siguiente fase, donde nuevamente fue incluido en la plantilla titular del Calcio Catania para enfrentar al [[Udinese Calcio|Udinese]], tanto en el encuentro de ida,<ref>{{cita web |año = 2008 |url = http://it.eurosport.yahoo.com/calcio/coppa-italia/2007-2008/udinese-catania-225244.html |título = Udinese 3 - Catania 2 |editor = it.eurosport.yahoo.com |idioma = italiano |fechaacceso = 5 de julio de 2008}}</ref> como en el de vuelta.<ref>{{cita web |año = 2008 |url = http://it.eurosport.yahoo.com/calcio/coppa-italia/2007-2008/catania-udinese-225248.html |título = Catania 2 - Udinese 1 |editor = it.eurosport.yahoo.com |idioma = italiano |fechaacceso = 5 de julio de 2008}}</ref> En la liga disputó un total de 36 encuentros y anotó 6 goles y fue incluido en el Equipo Ideal de la Jornada # 23 del [[Serie A (Italia)|Calcio]].<ref>{{cita web |año = 2008 |url = http://www.andina.com.pe/Espanol/Noticia.aspx?Id=LOsCF5qPzus= |título = Incluyen a Juan Vargas en el equipo ideal de la liga italiana |editor = andina.com.pe |idioma = español |fechaacceso = 28 de mayo de 2008}}</ref>
