''Yu-Gi-Oh! GX'' cuenta la historia de [[Jaden Yūki]], un chico normal que ingresa en la {{Nihongo|''Academia de Duelos''|デュエル・アカデミア|Dyueru Akademia}} fundada por [[kagemaruSeto Kaiba]].<ref name="anime01">{{cita episodio|título=遊戯を継ぐ者|serie=Yu-Gi-Oh! GX|enlaceserie=Yu-Gi-Oh! GX|creditos=Kunihisa Sugishima (directora)|cadena=[[TV Tokyo]]|enelaire=6 de octubre de 2004|número=01}}</ref> Una vez allí, Jaden conoce a [[Anexo:Personajes de Yu-Gi-Oh! GX#Syrus Truesdale (Marufuji Sho)|Syrus Truesdale]] y a [[Chumley Huffington]], quienes a partir de entonces se convierten en sus amigos inseparables.<ref name="anime02">{{cita episodio|título=フレイム・ウィングマン|serie=Yu-Gi-Oh! GX|enlaceserie=Yu-Gi-Oh! GX|creditos=Kunihisa Sugishima (directora)|cadena=[[TV Tokyo]]|enelaire=10 de octubre de 2004|número=02}}</ref> Para poder ganar el derecho de estar en la academia, Jaden, como había llegado tarde había tenido que enfrentarse con Vellian Crowler, y una vez que lo hubo vencido había quedado en el dormitorio {{Nihongo|''Slifer Rojo''|オシリス・レッド|Oshirisu Reddo}}, el cual es para los duelistas más débiles. El {{Nihongo|''Ra Amarillo''|ラー・イェロー|Rā Ierō}} y el {{Nihongo|''Obelisk Blue''|オベリスク・ブルー|Oberisuku Burū}}, en cambio, es para los estudiantes privilegiados.<ref name="anime05-06">{{cita episodio|título= 闇のデーモンデッキ y ハネクリボーの奇跡|serie=Yu-Gi-Oh! GX|enlaceserie=Yu-Gi-Oh! GX|creditos=Kunihisa Sugishima (directora)|cadena=[[TV Tokyo]]|enelaire=|número=05 y 06}}</ref> Más tarde Jaden tiene que enfrentarse a numerosos oponentes con ayuda de sus amigos para poder salvar al mundo de la destrucción.
