El Jefe Maestro nació en el año 2511 y pasó la primera parte de su niñez en el planeta humano [[Universo de Halo#Eridanus 2|Eridanus 2]], colonia donde vivió con su familia. John era alto para su edad en ese entonces, media aproximadamente un pie más que sus compañeros de la escuela, lo que lo hacia una muestra “genética perfecta” para el proyecto [[SPARTAN-II]]. Lo describen (en la edad de 6 años) como un típico muchacho, con pelo marrón, pecas y un espacio entre sus dos dientes delanteros.
En 2517, John y otros 75 niños de su edad(incluyendo su hermano David), fueron secuestrados secretamente de sus hogares y sustituidos por “clones flash”. Esta forma específica de copia fue empleada para asegurarse de que ningunas de las familias se enteraran que sus hijos habían sido secuestrados. Sin embargo, los clones resultaron inestables y todos perecieron poco después de lo que fue llamado como la “falla metabólica en cascada” lo hace parecer que el deceso fue por causas naturales. La [[Dra. Catherine Halsey]], jefe del proyecto [[SPARTAN-II]], comentó más adelante que este efecto secundario era desafortunado, pero la fecha límite del proyecto no dejaba otra alternativa. Los niños originales fueron llevados al [[Reach (Halo)|planeta Reach]], una de las jefaturas del [[UNSC]], para entrenarlos y convertirlos en supersoldados [[SPARTAN-II#Etapas del Proyecto SPARTAN-II|clase SPARTAN-II]]. En Reach, los niños secuestrados comenzaron el intensivo entrenamiento físico, mental y psicológico como parte del programa [[Spartan]] por parte de Chief Petty Officer Méndez, asignándoles nuevos números de identificación en vez de los nombres pasados. John era ahora John-117.
