La pelicula contara la historia de la cuarta novela ("La desaparición de Suzumiya Haruhi" / "The Disappearance of Suzumiya Haruhi" / 第四巻: 涼宮ハルヒの消失).
Esta trata que cerca de navidad kyon va al colegio un día y se encuentra que las cosas son diferentes al día anterior, uno de esos cambios... es que Haruhi no es mas su compañera de clases, y que nadie se acuerda de ella. Ahí comienza la busqueda de kyon por la verdad, saber que paso y donde esta haruhi, así como entender porque algunos miembros de la brigada SOS son tan diferentes a como eran antes.
Entre la desesperación y desentendimiento de kyon, mezclado con el sentimiento de "este mundo es mejor que el de antes?", con una gran porción de sorpresas, una resurección, viajes en el tiempo, un john smith contando la verdad, resfriados, y una pisca de sangre... esta pelicula promete mucho (ya que la novela en la que esta basada es imperdible para los seguidores de esta historia).
