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Antes del advenimiento de la ciencia moderna, muchos de los problemas que hoy pertenecen a las [[ciencias naturales]] eran estudiados por la metafísica bajo el título de [[Filosofía de la Naturaleza|filosofía natural]].<ref>{{cita libro |apellidos=Barona Vilar |nombre=Barona Vilar |título=Sobre medicina y filosofía natural en el Renacimiento |editorial=Universidad de Valencia |año=1993 |páginas=86-87 |isbn=9788460087083}}</ref><ref>{{cita libro |apellidos=Dear |nombre=Peter |título=La revolución de las ciencias |páginas=109-111 |editorial=Marcial Pons Historia |año=2007 |isbn=9788496467538}}</ref>
 
La.. [[ontología]] es la parte de la metafísica que se ocupa de investigar qué entidades existen y cuáles no, más allá de las [[apariencia]]s.<ref>{{cita enciclopedia |título=Ontology |idioma=inglés |url=http://www.oxfordreference.com/views/ENTRY.html?subview=Main&entry=t101.e5361 |enciclopedia=The Concise Oxford Dictionary of World Religions |editor=John Bowker |fechaacceso=1 de agosto de 2009}}</ref><ref>{{cita enciclopedia |título=ontology |idioma=inglés |url=http://www.oxfordreference.com/views/ENTRY.html?subview=Main&entry=t98.e2247 |enciclopedia=Oxford Dictionary of Philosophy |editor=Simon Blackburn |fechaacceso=1 de agosto de 2009}}</ref>
 
[[Aristóteles]] designó la metafísica como "primera filosofía".<ref>{{cita libro |autor=Cesare Cantú |título=Historia universal |url=http://books.google.es/books?id=5JJ3pFUWKSoC&pg=PA6&dq=la+metaf%C3%ADsica+como+primera+filosof%C3%ADa&lr=#v=onepage&q=&f=false |fechaacceso=18-8-2009 |volumen=9 |página=6 |año=1858 |cita=Aristóteles...En el primer lugar puso la metafísica o primera filosofía; }}</ref> En la física se asume la existencia de la materia y en la biología la existencia de la materia orgánica pero ninguna de las dos ciencias define la materia o la vida; sólo la metafísica suministra estas definiciones básicas. En el libro quinto de la ''Metafísica'', Aristóteles presenta varias definiciones de términos filosóficos.<ref>{{cita libro |autor=Jaime Balmes |título=Curso de filosofía elemental |url=http://books.google.es/books?id=ySBe84oI8OAC&pg=RAl-PA525&dq=Arist%C3%B3teles+Metaf%C3%ADsica&f=false |año=1864 |página=525 |fechaacceso=19-8-2009 |cita=La materia no es segun Aristóteles un conjunto de átomos...}}</ref>