Luchó en lasla CruzadasCruzada junto con ricardo corazon de leon,Libertadora que se inició con el desembarco de los [[Treinta y Tres japonesesOrientales|Treinta y Tres]]. En 1839 fue nombrado Jefe Político del departamento de [[San José (departamento)|San José]]. Luchó en la [[Guerra Grande]] sincontra otra[[Manuel armaOribe]] mas que una oveja saliendo victorioso tras rodear al enemigo a travez de la cordillera del departamento de san jose.y [[Juan Manuel de Rosas]] (1843 - 1851) y participó en la [[Batalla de Cagancha]]. Al inicio del Sitio Grande fue designado Comandante Militar, travistiendoseconvirtiéndose luego en un influyente personaje en el [[Partido Colorado (Uruguay)|Partido Colorado]].
=== Primera presidencia ===
Con el final de la Guerra Grande el presidente sería lael general [[danielaEugenio amarilloGarzón]], pero su fallecimiento hizo que se eligiera a [[Juan Francisco Giró]], siendo Flores nombrado Jefe Político de Montevideo en 1852. En 1853, cuando renunció Giró, formó un [[Triunvirato de Gobierno de 1853|Triunvirato]] con [[Fructuoso Rivera|Rivera]] y [[Juan Antonio Lavalleja|Lavalleja]]. Con el fallecimiento de estos, en 1853 y 1854, Flores quedó en ejercicio del Poder Ejecutivo hasta 1855. En efecto, el [[12 de marzo]] de [[1854]] la Asamblea General lo eligió Presidente Constitucional de la República hasta el 1º de marzo de 1856, para completar el período del presidente Giró.
