Metal Gear Mk.II es un pequeño robot, remotamente operado y construido por el viejo camarada de Snake, Otacon, noDr. fueHal Emmerich, quien estuvo envuelto en la creación de Metal Gear REX, y de este modo, sus esfuerzos contribuyeron (sin saberlo) al acto terrorista de Liquid Snake en la isla Shadow Moses. Ahora él ha inventado el Mk.II esmerado en crear algo útil para la humanidad, siendo más un ordenador portátil que un tanque, llevado a la revolución bípeda. El Mk.II esta equipado con capacidades de invisibilidad (stealth) y esta hecho especialmente para búsqueda y reconocimiento de terreno, pero también tiene otras funciones. Puede dejar fuera de combate a los oponentes usando descargas eléctricas, manipulado desde un equipo que lleva Snake y servir como medio de comunicación entre éste y Otacon, haciéndolo un compañero extremadamente útil. Normalmente, Otacon controla remotamente al Mk.II, pero Snake también lleva un control (un mando Sixaxis de PS3) con el cual lo mueve cuando es necesario.
En cierto punto de la historia, el Mk.II es detruído por Vamp y sustituido por el MK.III, de diseño y funciones idénticas, pero de color rojo.
El nombre y las características de éste son parecidas a las del robot de Gillian Seed, del juego Snatcher, creado por Hideo Kojima para la MSX.
