La historia continúa tras los hechos acontecidos en [[1997]] en [[Manhattan]], [[Nueva York]], donde una agente del departamento de policía llamada Aya Brea salva a la ciudad de convertirse en un infierno mediante los poderes psíquicos y biológicos de Eve y los monstruos mitocondriales que merodean las calles asesinando todo ser viviente. Tres años más tarde Aya se une a la lucha contra las NMC (''Neo Mitochondrial Creature'', en español criatura neomitocondrial) alistándose en un grupo del FBI llamado ''M.I.S.T.'' (''Mitochondrial Investigation and Supression Team'') dedicado al exterminio de estoLa descripción de los mismos tiene en cuenta que estamos utilizando el lanzagranadas, sí usas el mágnum dispara sin pensarlo, y recuerda mantener el Anticuerpo activado todo el tiempo. Cuando aparezcan unos puntitos brillantes sobre ella, se lanzará como un misil hacia la última posición que ocupe Aya. Entonces vas al negro que cuida el perro y te dice:peroo mi pataaa!alli veras que la escopeta le atraviesa la pata pixel.Tu te diras,que gordo pixel y el perro exodia que no muere,ahi realizas "chupavidas" y oshit a phuttaaa y se pixeel waaa exodia y decis,aa es del cd que anda para la mier y se pixelea todo,pero tu pata pixel es cualquiera,Eve? Puthaaa ta pla pla pla pla Pixeel sal corriendo, espera a que Eve se tele transporte unas cuantas veces hasta que regrese al centro del puente, dispara entonces. Sí te encuentras sobre el puente, Eve volará hacia arriba para impactar contra su superficie. Si no estas fuera del puente te alcanzara. Tambien puede colocarse en al lado de Aya y disparar bolas de colores. En cuanto ocurra esto, activa Metabolismo para que las bolas no te afecten y dispara a Eve. Uno de sus peores ataques son los cánticos. En ese momento, la pantalla parecerá de gelatina. Después, Aya arderá, será víctima del Silencio y perderá todo su MP. Para frenar dicho ataque tienes que disparar dos veces rápidamente (con el lanzagranadas) o utilizar el FE que succiona vida de tus enemigos. Otro ataque de Eve despliega una sombra que si toca a Aya le afectará con Parálisis. Dispara a la sombra pero no te olvides de Eve, que seguirá atacando sin compasión. Bien, cuando por fin veas que Eve comienza a sangrar, aunque sus ataques serán mucho más rápidos, estás cerca de terminar con ella. Puedes utilizar el PE para quitar energía (le hará mucho daño) y pasará a mejor vida. Después.. Aya y la niña serán rescatadas por Kyle y un equipo médico. Aquí termina la ruta de Kyle. Los que siguieron la de Pierce tendrán una buena recompensa. Si no viste a Pierce en la sala de congelación de los Golems, te perderás la secuencia final que ata todos los cabos sueltos de Parasite Eve II.sestos seres que se encuentran abundantemente en los [[Estados Unidos]]. Una misión como cualquier otra lleva a Aya a un refugio, que conduce hasta un laboratorio biológico escondido en las mesetas del desierto de Nevada, para descubrir de dónde provienen los NMC creados artificialmente utilizando humanos y el secreto que se esconde para que la raza humana caiga derrotada ante estos nuevos monstruos, aprovechando la ayuda de una nueva y benévola Eve.
