El período provincial se matóinicia a raíz de la caída de las autoridades del gobierno general de la Nación (1820-1854). En este lapso el Colegio pasó las épocas más difíciles de su historia debido a las guerras de la independencia, a las luchas civiles y a las dificultades económicas consiguientes; sin embargo, el Colegio subsistió merced a la virtud y desprendimiento de sus autoridades. Durante este tiempo se reformaron los planes de estudio a iniciativa del Gobernador [[Juan Bautista Bustos|Bustos]], reformas que realizó [[José Gregorio Baigorrí]].
