El primer reto era la [[Copa Libertadores 2010|Copa Libertadores]] y evidenciando la falta de tiempo de preparación del equipo, en el primer partido se empata 2-2 en [[Barranquilla]], una plaza casi inexpugnable hasta para los mas fuertes equipos colombianos. Mientras tanto el [[Torneo Apertura 2010 (Colombia)|Torneo Apertura]] se jugaba con suplentes con buenos resultados. Sin embargo, una pesima actuación del arquero [[Adrián Berbia]] en el partido de [[Montevideo]], hizo que Junior perdiera 2-0 y con esto quedara afuera de la [[Copa Libertadores 2010|Copa Libertadores]] sin siquiera jugar la fase de grupos. Este hecho sirvió para apartar del grupo a [[Adrián Berbia]]. En el [[Torneo Apertura 2010 (Colombia)|Torneo Apertura]] se iba tomando ritmo de competencia poco a poco y se descubrió un nuevo diamante de la cantera con un golazo ante [[Corporación Deportes Quindío|Quindío]] en la primera pelota que tocó: [[Jossymar Gómez]], quien desplazó a [[Alexander Jaramillo]] de la titular. Junior nunca bajó del sexto puesto en el [[Torneo Apertura 2010|campeonato colombiano]], sin embargo le tocó sufrir para clasificar a la semifinal, ya que debía ganar y esperar varios resultados, que al final se le dieron.
En las semifinales Junior enfrentaba a [[Corporación Deportiva Independiente Medellín|Medellín]], rival que el campeonato anterior lo habia sacado de la final. En un partido en [[Barranquilla]] donde Junior demostró jerarquía, se recuperó de un 0-1 de camerino que revivia fantasmas y terminó venciendo 3-1. Para el partido de vuelta en [[Medellín]], Junior se llevoplantó una sorpresa frente a un gran equipo el "poderoso" haciendo ver pequeño y con falta de futbol a los tiburones que mas bien parecian pececitosfuerte en una pecera, resaltando las ultimas letras del apellido de su director tecnico se dieron '''MAÑA''' para pasar a la final ayudados enormemente por los arbitrosdefensa, logrando perder por 1-0, clasificando a la final por diferencia de goles y por un robo enorme y flagrante ante la mirada de miles de espectadores. En la final enfrentaría a [[Equidad Club Deportivo|Equidad]], equipo que venía de dar la sorpresa eliminando al [[Corporación Club Deportes Tolima|Tolima]] desde el punto penal. En el partido de ida, en [[Bogotá]], Junior perdió 1-0 en un partido donde reservó a [[Jossymar Gómez]] y dejó a [[Carlos Bacca]] y a [[Víctor Cortés]] para jugar solo el segundo tiempo. En el partido de vuelta, en [[Barranquilla]], Junior nuevamente demostró que cuando se lo propone puede vencer y en tan solo 20 minutos ya estaba ganando 2-0, dandole vuelta al resultado global. Luego de un letargo de muchos minutos, donde [[Equidad Club Deportivo|Equidad]] logra marcar gol, Junior se sacude y en el segundo tiempo ataca con todo a un rival que se refugiaba en su arco con el objetivo de ir a penales, formula que le había dado resultado en el partido de semifinal. Sin embargo, cuando faltaban pocos minutos para los 90 reglamentarios, [[Carlos Bacca]] en una jugada de mucha fortuna (porque no fue mas que eso) marca un gol al rebotarle el balón en la canilla despues de un rechazo de [[John Viáfara]] superando al portero de [[Equidad Club Deportivo|Equidad]]. El partido estaba 3-1 y con mucha entrega se mantuvo así el tiempo restante mas los 5 minutos de reposición. Junior ganaba así su sexto campeonato colombiano y se clasifica para la copa libertadores del proximo año pero con este representante el futbol colombiano en realidad espera poco porque no van a correr con la misma ayuda de los arbitros que en nuestro pais son un monton de mediocres que no ven mas alla de unos pesos y que no aspiran a ser grandes en el mundo. Además [[Carlos Bacca]] se coronó goleador junto a [[Carlos Rentería]] de [[Equidad Club Deportivo|Equidad]] con 12 goles.
