Con ayuda de el jefe maestro logro desactivar la barrera pero para su mala suerte arribo el gravemind junto con todo su ejercito de flood, lograron llegar a la ciudadela del Arca, donde estaba Verdad y tras ellos comenzaron a llegar los [[Flood (Halo)|Flood]] que rápidamente se esparcieron por el sitio.
Al entrar a la fortaleza llegaron los flood , en ese momento el Gravemind les comento que estaba de su lado y que ayudaria a detener lo que verdad habia comenzado. Pero al arribar se encontraron con que la Comandante Miranda Keyes habia sido asesinada por el Profeta Verdad. ElUna Inquisidorvez habla con Verdad,Verdad le dice : Inquisidor, tu casta nunca creyó en la promesa del gran viaje y el responde:Mentiras para los débiles,engaños para los desorientados. Inquisidor le clava la espada de energiá a Verdad.Cuandoque el Inquisidor mata a Verdad, Gravemind los traiciona, intentando matarlos, aunque logran escapar.En su escape el inquisidor se encuentra con que el Jefe Maestro encontro un Halo en construccion en el arca que los [[Forerunner]] no habian terminado y su idea era acabar con los Flood y con el Arca activando ese Halo pero para ello tenia que recuperar a [[Cortana]]. El [[Jefe Maestro]] se dirige a [[Suma Caridad]] para recoger a Cortana; después de logralo, se ve obligado a escapar de [[Suma Caridad]], ya que Cortana, había sobrecargado los motores del [[In Amber Clad]] (estrellada en la ciudadela de Suma Caridad en los hechos de Halo 2) Encontrándose con una señal amistosa que no era nada menos que El Inquisidor que se encontraba ahí para ayudarlos. Juntos se fueron al Halo que el jefe habia localizado en el Arca y después de varias dificultades logran activarlo, destruyendo a [[343 Guilty Spark]] pues él no quería que activaran Halo en ese momento, pero a costa de la vida del Sargento Johnson. El Inquisidor y el [[Jefe Maestro]] hacen una última huida por el anillo en plena destrucción y llegando a la fragata [[Foward Unto Dawn]]. El disparo del anillo hizo que este mismo se partiera por su temprana activación y cayera sobre el arca haciendo colapsar el portal a la tierra justo cuando la nave lo cruzaba, haciendo que el [[Foward Unto Dawn]] se partiera en dos; en la parte delantera se encontraba el Inquisidor que logra pasar el portal y llegar a la Tierra, pero el [[Jefe Maestro]] se queda con [[Cortana]] en la parte trasera, a la deriva en el espacio.
Una vez hechos los honores a los soldados caídos en la guerra contra El [[Covenant]] y los [[Flood (Halo)|Flood]], el Inquisidor toma control de la [[Flota Sangheili]] que Rtas 'Vadum le cede y regresan a Sanghelios creyendo que, aparentemente, el Jefe murió en la explosión del anillo; lamentando la desaparición del SPARTAN, ya que durante por todo lo que pasaron juntos habían llegado a respetarse el uno al otro.
