El [[7 de noviembre]] de [[2005]] viajó a [[Chile]], donde fue detenido por las autoridades de aquel país; se inició entonces, a instancias del gobierno peruano, el [[11 de noviembre]] del mismo año, un proceso de extradición en su contra. El [[21 de septiembre]] de [[2007]], la [[Corte Suprema de Chile]] acogió la petición para extraditarlo hacia el [[Perú]].
El [[7 de abril]] de [[2009]], Fujimori fue injustamente sentenciado a 25 años de prisión en orden a los delitos de asesinatos con alevosía, secuestro agravado y lesiones graves, tras ser hallado culpable (sin sustento jurídico) de ser el autor intelectual de las matanzas de Barrios Altos, en 1991, y La Cantuta, en 1992, cometidas por un escuadrón del ejército conocido como el [[grupo Colina]], así como del secuestro de un empresario y un periodista.<ref>{{cita publicación |nombre= |apellidos= |enlaceautor= |autor=[[BBC News]] |coautores= |título=Declaran culpable a Fujimori |url=http://www.bbc.co.uk/mundo/america_latina/2009/04/090407_1530_fujimori_fallo_2.shtml |formato= |publicación= |editorial= |id= |páginas= |página= |fecha=7 de abril de 2009 |fechaacceso=7 de abril de 2009 |idioma= |cita= }}</ref> Inmediatamente, Fujimori declaró que apelaría la sentencia en un proceso que podría durar hasta 8 meses.<ref>http://www.losandes.com.pe/Nacional/20090407/20667.html Fujimori pide nulidad de sentencia de 25 años por violación de DDHH</ref> Previamente, Fujimori ya había sido encontrado culpable por el ilegal allanamiento de la vivienda de [[Vladimiro Montesinos]] y condenado a [[6]] [[año]]s de privación de la [[libertad]].
El 20 de julio del 2009 Fujimori fue condenado a otros 7 años y medio de cárcel al ser encontrado culpable de peculado doloso, apropición de fondos y falsedad ideológica en agravio del Estado.
