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[[Archivo:Man of the woods.JPG|thumbnail|left|El [[Pongo abelii|orangután de Sumatra]] es una [[especie en peligro de extinción]], un ejemplo de la fauna endémica de Indonesia.]]
El tamaño, el clima tropical y la geografía del archipiélago, convierte a Indonesia en el segundo país con mayor nivel de [[biodiversidad]] en el mundo (después de [[Brasil]]),<ref name="LESTER">Lester, p. 7</ref> y su flora y fauna es una mezcla de especies provenientes de Asia y [[Australasia]].<ref>{{cita web |url= http://www.islamonline.net/English/Science/2003/05/article13.shtml|título= Indonesia's Natural Wealth: The Right of a Nation and Her People|fechaacceso= 28 de noviembre de 2009|autor= Hani Mumtazah|fecha= 2003|obra= Islam On-Line.net|idioma= inglés}}</ref> Una vez vinculadas con el continente asiático, las islas de Sumatra, Java, Borneo y Bali, tienen una gran variedad de fauna asiática. Grandes especies como el [[tigre]], el [[rinoceronte]], el [[orangután]], el [[elefante]] y el [[leopardo]], alguna vez fueron abundantes hasta el extremo oriental de Bali, pero el número de individuos y su distribución se han reducido drásticamente. Los bosques cubren aproximadamente el 60% del país.<ref>{{cita web |url= http://globalis.gvu.unu.edu/country.cfm?Country=ID|título= Globalis - an interactive world map|fechaacceso= 28 de noviembre de 2009|autor= UNEP|fecha= 2009|obra= Globalis.edu|idioma= inglés}}</ref> En Sumatra y Kalimantan, predominan las especies vegetales de Asia. Sin embargo, los bosques más pequeños y más densamente poblados de la isla de Java, han sido arrasados en gran medida debido a las actividades humanas. Durante mucho tiempo, las islas [[Célebes]], [[Nusa Tenggara]] y [[Maluku]], se encontraban separadas de las tierras emergidas continentales, por lo que han desarrollado su propia flora y su fauna únicas en el mundo.<ref>{{cita libro |apellidos= Monk|nombre= K.A.|coautores= Fretes, Y., Reksodiharjo-Lilley, G.|título = The Ecology of Nusa Tenggara and Maluku|editorial= Periplus Editions Ltd.|fecha= 1996|ubicación= Hong Kong|isbn= 962-593-076-0}}</ref> Papúa formaba parte de la masa de tierra australiana y es hogar de una flora y fauna estrechamente relacionada con la de Australia.<ref>{{cita web |url= http://www.geographia.com/indonesia/indono02.htm|título= Adventure in Indonesia|fechaacceso= 28 de noviembre de 2009|autor= InterKnowledge Corp.|fecha= 2008|obra= Geographia.com|idioma= inglés}}</ref>
 
Sólo Australia supera a Indonesia en cuanto al grado de [[endemismo]] en sus especies, con el 26% de las 1.531 especies de aves y el 39% de sus 515 especies de mamíferos endémicos.<ref>{{cita web |url= http://www.press.uchicago.edu/Misc/Chicago/468283.html|título= Lambertini, A Naturalist's Guide to the Tropics, excerpt|fechaacceso= 28 de noviembre de 2009|autor= Marco Lambertini|fecha= 2000|obra= Press Chicago.edu|idioma= inglés}}</ref> Los 80.000 kilómetros de [[litoral]] están rodeados de mares tropicales que contribuyen al alto nivel de biodiversidad del país. Indonesia tiene una amplia gama de [[ecosistemas marinos]], incluyendo [[playa]]s, [[duna]]s, [[estuario]]s, [[manglar]]es, [[arrecifes de coral]], campos de [[alga]]s marinas, [[llanura de marea|llanuras de marea]], [[marisma]]s, y ecosistemas insulares pequeños. El naturalista británico, [[Alfred Wallace]], describe una línea divisoria entre la distribución y la convivencia de las especies de Asia y Australasia en Indonesia.<ref name="Severin">{{cita libro |apellidos= Severin|nombre= Tim|título = The Spice Island Voyage: In Search of Wallace|editorial= Abacus Travel|fecha= 1997|ubicación= Gran Bretaña|isbn= 0-349-11040-9}}</ref> Una línea imaginaria conocida como la [[línea de Wallace]], corre de norte a sur a lo largo del borde de la [[Islas de la Sonda|plataforma de la Sonda]], entre Kalimantan y Célebes, a lo largo del profundo estrecho de Lombok, entre las islas de [[Lombok]] y Bali. Al oeste de la línea, la flora y fauna es más asiática; al avanzar hacia el oriente de Lombok, cada vez hay más especies australianas. En su libro de 1869, ''El Archipiélago Malayo'', Wallace describió numerosas especies únicas de la zona.<ref>{{cita libro |apellidos= Wallace|nombre= A.R.|título= The Malay Archipielago|editorial= Periplus Editions|fecha= 2000 [originalmente 1869]|ubicación= |isbn= 962-593-645-9}}</ref> La región de las islas entre su línea y Nueva Guinea se denomina ahora Wallacea.<ref name="Severin" />