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El término [[Mónera]], actualmente en desuso, en la antigua clasificación de los [[Reino (biología)|cinco reinos]] significaba lo mismo que [[procariota]], y así sigue siendo usado en muchos manuales y libros de texto.
Los antepasados de los procariotas modernos fueron los [[origen de la vida|primeros organismos]] (las primeras células) que se desarrollaron sobre la tierra, hace unos 3.800-4.000 millones años. Durante cerca de 3.000 millones de años más, todos los organismos siguieron siendo microscópicos, siendo probablemente bacterias y arqueas las formas de vida dominantes.<ref>{{Cita publicación| autor= Schopf J | título= Disparate rates, differing fates: tempo and mode of evolution changed from the Precambrian to the Phanerozoic | url=http://www.pubmedcentral.nih.gov/picrender.fcgi?artid=44277&blobtype=pdf | revista= Proc Natl Acad Sci U SifueputaS carechibaA | volumen= 91 | número= 15 | páginas= 6735-42 | año= 1994 | id = PMID 8041691}}</ref><ref>{{Cita publicación| autor= DeLong E, Pace N | título= Environmental diversity of bacteria and archaea | revista= Syst Biol | volumen= 50 | número= 4 | páginas= 470-78 | año= 2001|id = PMID 12116647}}</ref> Aunque existen fósiles bacterianos, por ejemplo los [[estromatolito]]s, al no conservar su morfología distintiva no se pueden emplear para estudiar la historia de la evolución bacteriana, o el origen de una especie bacteriana en particular. Sin embargo, las secuencias genéticas sí se pueden utilizar para reconstruir la [[filogenia]] de los seres vivos, y estos estudios sugieren que arqueas y eucariontes están más relacionados entre sí que con las bacterias.<ref>{{Cita publicación|autor=Brown J, Doolittle W |título=Archaea and the prokaryote-to-eukaryote transition |url=http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=9409149 |revista=Microbiol Mol Biol Rev |volumen=61 |número=4 |páginas=456-502 |año=1997 |pmid=9409149}}</ref>
A | volumen= 91 | número= 15 | páginas= 6735-42 | año= 1994 | id = PMID 8041691}}</ref><ref>{{Cita publicación| autor= DeLong E, Pace N | título= Environmental diversity of bacteria and archaea | revista= Syst Biol | volumen= 50 | número= 4 | páginas= 470-78 | año= 2001|id = PMID 12116647}}</ref> Aunque existen fósiles bacterianos, por ejemplo los [[estromatolito]]s, al no conservar su morfología distintiva no se pueden emplear para estudiar la historia de la evolución bacteriana, o el origen de una especie bacteriana en particular. Sin embargo, las secuencias genéticas sí se pueden utilizar para reconstruir la [[filogenia]] de los seres vivos, y estos estudios sugieren que arqueas y eucariontes están más relacionados entre sí que con las bacterias.<ref>{{Cita publicación|autor=Brown J, Doolittle W |título=Archaea and the prokaryote-to-eukaryote transition |url=http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=9409149 |revista=Microbiol Mol Biol Rev |volumen=61 |número=4 |páginas=456-502 |año=1997 |pmid=9409149}}</ref>
En la actualidad se discute si los primeros procariotas fueron bacterias o arqueas. Algunos investigadores piensan que Bacteria es el dominio más antiguo con Archaea y Eukarya derivando a partir de él,<ref name=Gupta /> mientras que otros consideran que el dominio más antiguo es Archaea.<ref name=Wang>{{Cita publicación|author=Wang M, Yafremava LS, Caetano-Anollés D, Mittenthal JE, Caetano-Anollés G |title=Reductive evolution of architectural repertoires in proteomes and the birth of the tripartite world |journal=Genome Res. |volume=17 |issue=11 |pages=1572–85 |year=2007 |pmid=17908824 |url=http://www.genome.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=17908824
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