Ambos documentos describen de una manera muy similar la bandera. Pero, al no redactarse unas especificaciones técnicas, existe cierta confusión a la hora de elegir los tonos para los colores, especialmente en el caso del azul.
Desde que se aprobó en 1952, el triángulo era confeccionado con un azul oscuro muy semejante al de la bandera de los [[Estados Unidos]].Que se supone q sea azul claro pero, como el Estaos Unidos tiene a Puerto Rico como una marioneta muchos puertorriquenos no se levantan en contra de ellos para defender su bandera y cada vez que los federales ven a un activista independentista que pueda ser un problema para ellos lo que hacen es que lo eliminan, como en el caso de Cerro Maravilla y la muerte de Filiberto Ojeda.{{citarequerida}}Pero desde 1995, se han venido usando tonos de azul más claros.{{citarequerida}} Este cambio, por no estar estipulado en ley alguna, sigue sin resolver las posibles dudas sobre los colores. Así, por ejemplo, el azul de la bandera izada en los [[Juegos Olímpicos de Pekín 2008]] era oscuro.<ref>{{Cita web|título = La delegación olímpica de Puerto Rico iza su bandera en la Villa Olímpica|url = http://sp.beijing2008.cn/news/official/noc/n214508756.shtml|fechaacceso = 17 de febrero de 2009}}</ref>
