En las últimas semanas el cardenal Sandoval se encuentra en medio de un polémico debate. Sus fuertes declaraciones contra los matrimonios gay y acusaciones contra el gobierno han causado una demanda por parte del jefe de gobierno [[Marcelo Ebrad]] por "violar", supuestamente, el estado laico de la nación.
Varios de sus comentarios han provocado protestas en varios sectores de la sociedad.
A continuación algunos de sus comentarios más polémicos:
Afirmar que "las mujeres no deben de andar provocando, por eso hay muchas violadas" le valió duras críticas de los colectivos femeninos, por lo que se vio obligado a desdecirse.
"Se necesita no tener madre para ser protestante", dijo en una ocasión, provocando la reacción airada de los Testigos de Jehová y otras iglesias.
En forma que algunos sectores consideran heroica y otros la censuran, se enfrentó al izquierdista católico Ebrard por la adopción por parejas gay, y comparó a los muertos por aborto con los muertos por narcotráfico, además de denunciar una supuesta corrupción por parte de los ministros de Justicia.
En agosto de 2010 afronta una demanda civil, lo cual fue calificado de fascismo por él y por mucha gente.
