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RNA-Seq

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RNA-seq ( «secuenciación de ARN» ), también llamado Secuenciación del Transcriptoma Entero para Clonación al Azar[1]​ (del inglés Whole Transcriptome Shotgun Sequencing ), utiliza la secuenciación masiva (NGS) para revelar la presencia y cantidad de ARN, en una muestra biológica en un momento dado.[2]​[3]​

First, cellular mRNA is extracted and fragmented into smaller mRNA sequences, which undergo reverse transcription. The resulting cDNAs are sequenced on a Next Generation Sequencing (NGS) platform. The results of such sequencing allow the generation of transcriptomic sequencing genomic maps.
Experimental transcriptome sequencing technique (RNA-seq)

Así, la RNA Seq usa para analizar cambios en el transcriptoma. Concretamente, la RNA-seq facilita la observación de transcritos resultantes del empalme alternativo, modificación postranscripcional, fusiones génicas, mutaciones/polimorfismos de nucleótidos únicos y cambios de expresión de genes.[4]​ Dado que el proceso implica la obtención de RNA total, la RNA Seq puede ayudar a caracterizar poblaciones diferentes de RNA como miRNA, tRNA, y rRNA[5]​ Esta tecnología, además, también puede servir para determinar las fronteras exón / intrón y verificar o enmendar regiones 5 'y 3'.

Los datos obtenidos mediante RNA-seq han sido útiles para la realización de numerosos estudios. En un artículo publicado en 2019 en la revista Nature communications[6]​ se utilizan datos de ARN-seq para estudiar las firmas transcriptómicas de diferentes miembros del MTBC. Los resultados obtenidos en este estudio muestran que los diferentes clados MTBC tienen su propia firma transcriptómica.

Referencias editar

  1. ↑ Morin R, Bainbridge M, Fejes A, Hirst M, Krzywinski M, Pugh T, McDonald H, Varhol R, Jones S, Marra M (2008). «Profiling the HeLa S3 transcriptome using randomly primed cDNA and massively parallel short-read sequencing». BioTechniques 45 (1): 81-94. PMID 18611170. doi:10.2144/000112900. Archivado desde el original el 21 de marzo de 2009. Consultado el 31 de marzo de 2019. 
  2. ↑ Chu Y, Corey DR (August 2012). «RNA sequencing: platform selection, experimental design, and data interpretation». Nucleic Acid Therapeutics 22 (4): 271-4. PMC 3426205. PMID 22830413. doi:10.1089/nat.2012.0367. 
  3. ↑ Wang Z, Gerstein M, Snyder M (January 2009). «RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics». Nature Reviews Genetics 10 (1): 57-63. PMC 2949280. PMID 19015660. doi:10.1038/nrg2484. 
  4. ↑ Maher CA, Kumar-Sinha C, Cao X, Kalyana-Sundaram S, Han B, Jing X, Sam L, Barrette T, Palanisamy N, Chinnaiyan AM (March 2009). «Transcriptome sequencing to detect gene fusions in cancer». Nature 458 (7234): 97-101. Bibcode:2009Natur.458...97M. PMC 2725402. PMID 19136943. doi:10.1038/nature07638. 
  5. ↑ Ingolia NT, Brar GA, Rouskin S, McGeachy AM, Weissman JS (July 2012). «The ribosome profiling strategy for monitoring translation in vivo by deep sequencing of ribosome-protected mRNA fragments». Nature Protocols 7 (8): 1534-50. PMC 3535016. PMID 22836135. doi:10.1038/nprot.2012.086. 
  6. ↑ Chiner-Oms, Álvaro; Berney, Michael; Boinett, Christine; González-Candelas, Fernando; Young, Douglas B.; Gagneux, Sebastián; Jacobs, William R.; Parkhill, Julián et al. (5 de septiembre de 2019). «Genome-wide mutational biases fuel transcriptional diversity in the Mycobacterium tuberculosis complex». Nature Communications (en inglés) 10 (1): 3994. ISSN 2041-1723. doi:10.1038/s41467-019-11948-6. Consultado el 5 de septiembre de 2020. 

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