Los mecanismos de transporte que utilizan las proteínas para trasladarse a través del aparato de Golgi no están muy claros aún, por lo que existen diversas hipótesis para explicar dicho desplazamiento. Actualmente, existen dos modelos predominantes que no son excluyentes entre sí, hasta el punto de ser referidos a veces como el modelo combinado.<ref name="alberts">{{cita libro | título=Molecular Biology of the Cell| url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowTOC&rid=cell.TOC| apellidos=Alberts| nombre=Bruce| coautores=''et al.''| editorial=Garland Publishing}}</ref>
* '''Modelo de maduración de las cisternas:''' las cisternas del aparato de Golgi llevan cabo un movimiento unidireccional desde la región cis, donde se forman, hasta la región trans, donde son destruidas. Las vesículas del [[reticulo..retículo endoplasmático]] se fusionan con los dictiosomas de la región cis para dar lugar a nuevas cisternas, lo que podría generar el movimiento de las cisternas a través del aparato de Golgi a medida que se van formando nuevas cisternas en la región cis. Este modelo se apoya en el hecho de que se han observado al [[microscopio]] estructuras mayores que las vesículas de transporte, tales como las fibras de [[colágeno]], desplazándose a través del aparato de Golgi.<ref name="alberts">{{cita libro | título=Molecular Biology of the Cell| url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowTOC&rid=cell.TOC| apellidos=Alberts| nombre=Bruce| coautores=''et al.''| editorial=Garland Publishing}}</ref> Inicialmente, esta hipótesis tuvo una gran acogida y fue la más aceptada hasta los años 80. Los últimos estudios realizados al respecto por la [[Universidad de Tokio]] y la [[Universidad de Chicago]] con tecnología más avanzada han permitido observar con mayor detalle los compartimentos y el proceso de maduración del aparato de Golgi.<ref>{{Cita publicación| autor=Glick, B.S. and Malhotra, V. | título=The curious status of the Golgi apparatus | revista=Cell | año=1998 | volumen=95 | páginas= 883-889}}</ref> Además, existen evidencias de movimientos retrógrados (en dirección cis) de cierto tipo de vesículas (COP1), que transportan proteínas del retículo endoplasmático mediante el reconocimiento de [[péptido]]s señales.<ref>Pelham, H.R.B. and J.E. Rothman, The Debate about Transport in the Golgi - Two Sides of the Same Coin? Cell, 2000. 102: p. 713-719.</ref>
[[Archivo:Dictiosome.svg|thumb|right|300px|Esquema del transporte en un dictiosoma. 1:Vesículas del retículo endoplasmático. 2:Vesículas de exocitosis. 3:Cisterna. 4:Membrana plasmática de la célula. 5:Vesícula de secreción.]]
