DosTres finales son posibles dependiendo de la forma en que el jugador se relacionó con las Little Sisters, todos narrados por la Dra. Tenenbaum. Si el jugador rescató a todas las Little Sisters (por lo tanto salvándoles la vida), el final muestra a las Little Sisters rescatadas volviendo a la superficie con Jack y viviendo una vida plena bajo su cuidado, incluyendo su graduación del colegio, casándose, y teniendo hijos; termina en un tono reconfortante, con un Jack mayor rodeado en su lecho de muerte por todas las Little Sisters adultas. Si el jugador cosechó (por lo tanto mató) a ''todas'' las Little Sisters, el juego termina con Jack atacando a las Little Sisters después de haber vencido a Fontaine, y es de suponer que matándolas a todas y tomando su ''ADAM''. Tenenbaum narra lo que ocurrió, condenando a Jack y sus acciones, con un tono de voz repleto de molestia y desprecio. Más tarde en el segundo final, un [[submarino con capacidad nuclear]] llevando un misil nuclear se encuentra con los escombros del avión y es súbitamente rodeado por batisferas transportando Splicers. Los Splicers matan a todos abordo del submarino y toman el control del mismo. Si el jugador salvó a ''algunas'' de las Little Sisters, pero también mató a unas cuantas, el final se muestra idéntico al segundo, sólo que el tono de voz de Tenenbaum es triste, y no molesto.<ref>{{cita web | url = http://www.blogjuegosguiamania.escom/196/el-final-de-bioshock-y-las-little-sistersvideojuegos/3419.php | título = Los 3 finalesFinal de bioshock - gamers 2.0Bioshock | fecha = 0302 de enerodiciembre de 20082007 | fechaacceso = 2226-05-2009}}</ref>
