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[[Imagen:Hierarchical clustering diagram.png|250px|thumb|right|Los organismos se agrupan en [[dendrograma]]s. Cada rama (o nodo) del dendrograma se corresponde con un '''taxón'''.]]
Para el estudio de la clasificación de los organismos surgió una ciencia llamada [[taxonomía]] (de la raíz griega ''taxis'' que significa ordenación). La organización que establece la taxonomía tiene una estructura arbórea en la que las ramas a su vez se dividen en otras y éstas a su vez en otras menores, a cada una de las ramas, ya sean grandes o pequeñas, desde donde nacen hasta su final, incluyendo todas sus ramificaciones se denomina [[taxón]].
La taxonomía tiene por objeto agrupar a los seres vivos que presenten semejanzas entre sí y que muestren diferencias con otros seres, estas unidades se clasifican principalmente en siete categorías jerárquicas de más grande a más pequeña que son:
[[Reino]] - [[Phylum]] o División (Tipo) - [[Clase (biología)|Clase]] - [[Orden (biología)|Orden]] - [[Familia (biología)|Familia]] - [[Género (biología)|Género]] - [[Especie]]
Estos siete niveles a veces no suelen ser suficientes para clasificar de forma clara a todos los seres vivos, y es necesario en algunos casos crear subdivisiones intermedias, como superorden, que agrupa varios órdenes, o suborden y superfamilia, que agrupan a varias familias, etc.
La unidad fundamental de la que parte toda la clasificación es la [[especie]]. Una definición simplificada de especie puede ser esta: Agrupación de seres en la que todos sus miembros son capaces de aparearse entre sí y producir crías viables y [[fértil]]es. Por ejemplo, los caballos y los burros son capaces de aparearse entre sí, y de producir crías viables, las mulas, pero estas crías no serán fértiles por lo que el caballo y el burro son especies diferentes.
Para la designación de las especies se utiliza un nombre compuesto por dos palabras, escritas en minúsculas y cursiva, la primera de ellas corresponde al género que comienza por mayúscula, y la segunda escrita en minúscula corresponde a la especie. A veces es necesario definir una subespecie, entonces se le añade una tercera palabra, también en minúscula. Los nombres de géneros y especies siempre van en una tipología diferente que el resto del texto, normalmente en itálicas en texto tipografiado, y subrayados en texto escrito a mano. Un ejemplo: "''[[Homo sapiens]] [[Hombre de Neandertal|neanderthalensis]]''". ''Homo'' es el género, ''Homo sapiens'' la especie, subespecie ''neardenthalensis''. Los biólogos y paleontólogos suelen incluir detrás del nombre completo de la especie el nombre de la persona que la describió, así como el año de publicación.
====Ejemplo====
Hagamos un ejemplo simplificado de recapitulación de lo visto:
El [[perro]] doméstico, a pesar de las diferencias de aspecto entre las razas existentes es una especie única, ''Canis familiaris'', ya que es posible el apareamiento entre un chihuahua y un mastín (por más que pueda parecer bastante complicado) y las crías obtenidas siguen siendo fértiles.
Los perros pertenecen junto con los lobos y chacales al género ''[[Canis]]'', que entre sí no pueden cruzarse y dar crías viables y fértiles{{sinref}}. Este género junto con los zorros (del género ''[[Vulpes]]'') forma la familia de los Cánidos ([[Canidae]]). Los Cánidos, junto con los [[Ursidae|Úrsidos]], [[Felidae|Félidos]] y otras familias de comedores de carne se unen formando el Orden de los [[Carnívoros]], que junto con otros Órdenes forman la Clase de los [[Mamíferos]] (tienen [[pelo]], y producen [[leche]]), que a su vez se sitúan dentro del Subfilo [[Vertebrados]] (soportados por [[hueso]]s), dentro del Filo [[Cordados]] (con [[notocorda]], cordón nervioso dorsal, etc.), que pertenece al Reino [[Animal]] (por características celulares) y por último al Superreino [[Célula eucariota|Eucariotas]] que son aquellos cuyas [[célula]]s poseen [[Núcleo celular|núcleo]].
Este modelo de organización sigue también una lógica en el tiempo, es decir una especie surgió hace un determinado número de años, como consecuencia el género surgió anteriormente, y el orden, clase, y reino al que pertenece son sucesivamente anteriores según retrocedemos en el árbol.
En los años cincuenta el entomólogo alemán [[Willi Hennig]] (fundador de la [[cladística]]), basándose en esto sugirió un sistema de agrupación basado en la historia evolutiva de los seres vivos ([[filogénesis]]), en el que tras estudiar todas las características de un grupo y excluir aquellas que no marcan su desarrollo nos deja una nueva agrupación, llamada [[Clado]] (es necesario advertir que los rasgos más obvios y acusados no necesariamente marcan el desarrollo evolutivo de un linaje). Esta agrupación en Clados presta más atención a los puntos en el que los diversos clados se bifurcan o separan entre sí, que a la agrupación por características morfológicas que en algunos casos podrían ser secundarias y desvirtuar la lógica en el tiempo del esquema arbóreo.
Como ejemplo de esto dicho: Los [[Ailuropoda melanoleuca|osos panda gigantes]], taxonómicamente se han clasificado generalmente dentro de los Úrsidos (osos) al considerar determinadas características morfológicas, sin embargo considerando su historia evolutiva (cladísticamente) se encuentran dentro del clado al que corresponden los [[mapache]]s, lo cual obliga a revisar su asignación taxonómica.
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