[[Archivo:Bombardeodeiquique.png|thumb|right|250px|Bombardeo del puerto de Iquique por las fuerzas congresistas.]]
Durante la [[Guerra Civil de 19001891]] que se vivió en [[Chile]], el Huáscar formó parte de las fuerzas congresistas que derrotaron al presidente [[José Manuel Balmaceda]]. Al atardecer del día 7 de enero de 1891 , la fragata [[Cochrane (fragata blindada)|Cochrane]] remolcó al ''Huáscar'', que tenía sus máquinas desmontadas, desde la bahía de Valparaíso, fondeándolo frente a Las Salinas, donde se procedió a ponerlo en servicio.
El 23 de enero el ''Huáscar'' y el [[transporte Amazonas]] se apoderan de [[Taltal]] y obtienen la adhesión de la ciudad a la causa congresista.<ref name="Huáscar SO"/> El 2712 de febrero la nave frustró el intento de desembarco de las tropas presidencialistas embarcadas el transporte Imperial, en la localidad de [[Iquique|Patillos]]. El monitor participo también en el bombardeo de Iquique, ciudad en manos de los partidarios de Balmaceda, el día 19 de febrero. Posteriormente el monitor ''Huáscar'' fue destinado a labores de escolta de los transportes que conducían a las tropas congresistas y a la vigilancia costera.<ref>{{cita libro| autor =Armada de Chile| título = Huáscar| año = 2005| editorial = Editorial Kactus}} pág. 52.</ref>
