En los eucarioticoseucariontes, los flagelos son estructuras poco numerosas, uno o dos por célula, con la excepción de algunos protistas unicelulares del grupo de los [[Excavata]]. Se distingue a las células ''acrocontas'', que nadan con su flagelo o flagelos por delante, de las ''[[Opisthokonta|opistocontas]]'', donde el cuerpo celular avanza por delante del flagelo. Esta última condición, evolutivamente más moderna, caracteriza a la rama evolutiva que reúne a los reinos hongos ([[Fungi]]) y animales ([[Animal|Animalia]]). Es la que observamos, sin ir más lejos, en los espermatozoides animales (incluidos, desde luego, los humanos).
[[Archivo:Eukarya Flagella.svg|thumb|left|Estructura del flagelo eucariota. 1-[[axonema]], 2-[[membrana plasmática]], 3-IFT (Transporte IntraFlagelar), 4-[[cuerpo basal]], 5-sección del flagelo, 6-tripletes de [[microtúbulo]]s del cuerpo basal.]]
