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El desalojo del comercio ambulante en el centro histórico de la ciudad desde la mitad de 2007 ha sido catalogado entre la prensa como un éxito de su gobierno, ya que los comerciantes informales habían aumentado significativamente su número en los últimos años. Sin embargo, sectores intelectuales han criticado severamente la decisión de una de sus dependencias -con el aval del Instituto Nacional de Antropología e Historia- de demoler edificios históricos del primer cuadro de la ciudad para la reubicación de los ambulantes.
A mediados de 2008 una multitudinaria manifestación pacífica se llevo a cabo en el Paseo de la Reforma y hasta el Zocalo o plaza mayor de la ciudad para exigir a las autoridades federales y locales (Gobierno de Marcelo Ebrard) seguridad ante un grave deterioro en los índices delictivos y tras el lamentablemente asesinato del hijo del reconocido empresario Alejandro Martí. El mismo gobierno local ha sido blanco del crimen organizado cuando una bomba estalló antes de tiempo a pocas calles de la propia Secretaria de Seguridad del Distrito Federal. Si bien ha habido algunas mejoras marginales en algunos índices otros se han incrementado como la prescencia de narcotráfico en la ciudad y la percepción de la ciudadanía es de total desprotección lo que también se ha reflejado en una disminución en el apoyo electoral en la Ciudad para el 2009 perdiendo una Delegación y algunas diputaciones locales.
=== Controversias ===
Marcelo Ebrard se ha destacado por ser el único gobernante de una entidad federativa mexicana que no reconoce como legítimo al gobierno del presidente [[Felipe Calderón Hinojosa]], a quien señala de haber llegado al poder de manera [[fraude electoral|fraudulenta]] entrando en contradicción con el resto de los gobernadores de su propio partido que mantiene una abierta relación con el Presidente Constitucional de Mexico (reconocido nacionalmente e internacionalmente por gobiernos de todas las ideologías). Lo anterior probablemente sea atribuible a un incondicional sometimiento a la opinión de Andres Manuel Lopez Obrador ex-candidato de izquierda (PRD) perdedor en la contienda de 2006 y que ha promovido a otros partidos distintos al suyo (PT y Convergencia) lo que podria costarle su militancia. Ha rechazado por lo tanto cualquier encuentro con el presidente, aunque no niega la existencia de contactos institucionales entre ambos gobiernos.
Ha hecho pública su solicitud para la concesión de una nueva señal de televisión para el Distrito Federal, que sería apoyada con recursos del gobierno local pero, de acuerdo a él, sería administrada por un consejo ciudadano. Aunque el Distrito Federal es la única entidad que no cuenta con una señal propia, los legisladores del PAN y del PRI han manifestado abiertamente su rechazo, ante el supuesto de que el gobierno capitalino pudiese utilizar la señal con fines de promoción política.
También ha solicitado la administración del [[Aeropuerto Internacional de la Ciudad de México]].
En Junio y Julio de 2009 se vió nuevamente envuelto en controversias toda vez que el PRD se dividió internamente por confrontaciones de corrientes (tribus) y tuvieron elecciones internas abiertamente reconocidas por los propios actores como fraudulentas desconociendose ambos contendientes pero imponiendose al final la corriente de los llamados Los Chuchos - Jesús Ortega. En estas divisiones la imposición de candidatos y promoción de otros partidos distintos al PRD por parte de Andres Manuel López Obrador (mentor político de Ebrard) lo han puesto en la encrucijada de obedecerlo o seguir dentro del PRD (especialmente en el caso "Juanito" del PT en Iztapalapa). Estas confrontaciones llevaron a que el PRD, que en coalición tenía cerca del 34% de votación en 2006, a reducirse a solo a 12% en 2009 con los partidos PT y Convergencia con votaciones de apenas 4% y 2%, a quienes apoyó Andres Manuel Lopez Obrador en contra de su propio partido que podría expulsarlo a solicitud de la corriente de "Los Cuchos" y del fundador del PRD, el Ing. Cuauhtémoc Cardenas.
Asimismo Marcelo Ebrard asistió a una cumbre del [[ALBA]] en Bolivia donde se iniciaban los festejos por el bicentenario de la independencia de España de América Latina. Ahí se reunió con presidentes comunistas y revolucionarios como [[Hugo Chavez]], [[Evo Morales]], Correa, Kirschner, entre otros, mismos que en su mayoría han buscado permanecer en el poder a perpetuidad alterando "democráticamente" o mediante pleibiscitos dudosos la constitución de sus paises. Destaca el apoyo que Marcelo Ebrard dío al Movimiento por la Defensa del Petroleo que encabezó López Obrador igualmente por pleibiscitos sin convocatoria mayor y sin ningun control básico de tipo electoral, organización o reconocimiento de las autoridades electorales independientes.
=== El aborto ===
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