Durante ella gobiernodictadura de [[Augusto Pinochet]], este símbolo patrio tuvo una utilización política por parte de la Junta Militar, obligaron cantar después de la quinta, la tercera estrofa de la letra de [[Eusebio Lillo]], que comienza «Vuestros nombres, valientes soldados». El hecho de cantar o no esta tercera estrofa se convirtió para muchos en una expresión de apoyo o rechazo al [[Régimen Militar (Chile)|régimen militar]]. En [[1990]], apenas vuelve la democracia a Chile y asume la presidencia de [[Patricio Aylwin]], se vuelve a la tradición republicana de cantar la quinta estrofa como versión oficial. No obstante, partidarios del régimen y de la figura de Augusto Pinochet continúan usando esta tercera estrofa en la interpretación del himno para sus reuniones.<ref>[http://www.elmundo.es/elmundo/2008/11/09/internacional/1226254625.html Varios ministros de Bachelet acuden a un homenaje al ideólogo de Pinochet], [[Diario El Mundo]], 9/11/2008.</ref>
