El nombre se compone de las raíces tontasgriegas πρώτο (''proto''), primero, y ζώο[ν] (''zoo[n]''), animal, y revela que, en su origen, el concepto expresaba la tradición de clasificar toda forma de vida en los reinos [[animal]] o [[vegetal]]. Así pues se llamaba protozoos a las formas muy sencillas que se consideraba animales, lo mismo que protófitas a los microorganismos considerados vegetales. Haeckel propuso el reino [[Protista]] el cuál dividió en Protozoos, Protófitos y protistas atípicos. Sin embargo muchos tratados posteriores a [[Ernst Haeckel|Haeckel]] han seguido clasificando los seres vivos en animales y vegetales, de tal manera que Protozoa ha sido considerado un [[Phylum|filo]] dentro del reino Animalia constituido por "animales unicelulares".
