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En [[1992]] fue adquirido por el [[Corporación Deportiva Independiente Medellín|Independiente Medellín]]. Jugó para el segundo semestre de ese año, bajo la dirección de [[Julio Comesaña]]. A pesar que el equipo no clasificó a las finales, fue el jugador más destacado del semestre.
En [[1993]], el dueño del [[Corporación Popular Deportiva Junior|Junior]] de Barranquilla, Fuad Char, adquirió el pase de Carlos, y así también adquirió a jugadores de experiencia como Miguel el "Niche" Guerrero, e [[Iván René Valenciano]] que jugaba para el Atalanta de Italia, y como entrenador a Comesaña, y conformó un equipo muy fuerte para ganar el título de la temporada. Con el equipo ganó las fases del campeonato (Apertura, Finalización), y clasificando a cuadrangulares, y quedando campeón el día 19 de diciembre. Carlos fue el capitán del equipo, y reconocido otra vez como el futbolista del año. Entre sus momentos más especiales, el gol que anotó a [[===Atlético ElNacional]] éxitoen Medellín, en Colombiael juego que terminó 3 a 3, y como líder en la final contra América, arengando a sus compañeros, y sirviendo el pase para el gol anotado por Osvaldo McKenzie, a la postre, el gol del ===título.
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En [[1979]] ficharía por el [[Corporación Deportiva Club Atlético Nacional|Atlético Nacional]] de [[Medellín]]. Con base en habilidad, magia y destreza, se ganó ya en su primera temporada el cariño y respeto del pueblo colombiano, pese a que su equipo ocupó el cuarto lugar. Un año después, logró el subcampeonato, pero su consagración definitiva se produjo en [[1981]] al alcanzar, por fin, el ansiado título.<ref>Atlético Nacional, [http://www.eltiempo.com/participacion/blogs/default/un_articulo.php?id_blog=3127&id_recurso=450000865 la cuarta estrella 1981]
</ref> Esa fue también su mejor temporada con el cuadro verde, ya que además del título, Cueto no sólo fue el conductor, capitán y goleador del equipo (17 tantos) sino el mejor jugador del campeonato [[colombia]]no.<ref>[http://www.arkivperu.com/cueto_medellin.jpg El mejor de la temporada 1981]</ref> Todos los medios destacaban su talento y calidad:<ref>[http://www.arkivperu.com/cueto_articulo.jpg Cueto volvió a hacer sublime el fútbol]</ref><ref>[http://www.arkivperu.com/cueto_articulo2.jpg Cueto puso la letra en la victoria]</ref> reconocían que su pierna zurda hacía magia, en jugadas cortas, en pases largos y en goles, hasta hoy para la mayoría de entendidos y periodistas,
En [[1984]], ya con 32 años, Cueto pasa a jugar por el [[América de Cali]] y gana el campeonato de ese año con el equipo caleño siendo el capitán y conductor del equipo.<ref>Cesar Cueto en el [http://www.america.com.co/publicaciones.php?id=20779 America de Cali]</ref> El ''Poeta de la zurda'' sufrió una lesión jugando por este equipo en [[1985]] que causó su retiro de las canchas durante un año. Estuvo apenas una temporada con el equipo "escarlata", pero su talento, habilidad y pases "quirúrgicos" dejaron una huella indeleble en la memoria de sus seguidores, al punto de ser considerado uno de los mejores de su historia.<ref>Idolos Americanos [http://www.america.com.co/publicaciones.php?id=20724 Jugadores de Leyenda].</ref>
Recuperado de su lesión y con 34 años de edad tuvo un breve paso en el [[Deportivo Pereira]] en [[1986]] (jugó 18 partidos) y en el [[Cúcuta Deportivo]] en [[1987]], mostrando en ambos equipos destellos de su gran calidad, retirándose definitivamente de la competencia oficial.
|Atlético Nacional]] en [[Medellín]], en el juego que terminó 3 a 3, y como líder en la final contra América, arengando a sus compañeros, y sirviendo el pase para el gol anotado por Osvaldo McKenzie, a la postre, el gol del título.
En [[1994]], jugó la [[Copa Libertadores]]. Llegó a semifinales, su equipo fué eliminado en tanda de penales por [[Club Atlético Vélez Sársfield|Vélez Sársfield]], que a la postre sería el campeón.
El [[1 de febrero]] de [[2004]] fue su retiro oficial. El encuentro de despedida, al que asistieron figuras internacionales como [[José Luis Chilavert|José Luís Chilavert]], [[Diego Armando Maradona]], [[Enzo Francescoli]], sus amigos y compañeros de de Selección, y el artista, y admirador [[Carlos Vives]]. Asistieron esa noche 56.000 espectadores al [[Estadio Metropolitano (Barranquilla)|Estadio Metropolitano]], que no dejaron de ovacionar al emblemático “10” del equipo colombiano en su despedida.
A partir del segundo semestre de 2007 acepta la Dirección Deportiva y la Asistencia Técnica del Club de [[Fútbol colombianoColombiano]] [[Junior de Barranquilla]], haciendo dupla técnica con Luís Grau, ambos ex jugadores y campeones de la liga nacional con este club en
la década final del siglo XX.
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