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Más allá de la escuela que la defina, el fin último de la Taxonomía es organizar al árbol filogenético en un '''sistema de clasificación'''. Para ello, la escuela [[cladística]] (la que predomina hoy en día) convierte a los clados en taxones. Un [[taxón]] es un [[clado]] al que fue asignada una [[categoría taxonómica]], al que se otorgó un [[nombre científico|nombre en latín]], del que se hizo una descripción, al que se asoció a un ejemplar "tipo", y que fue publicado en una revista científica. Cuando se hace todo esto, el taxón tiene un '''nombre correcto'''. La [[Nomenclatura (biología)|Nomenclatura]] es la subdisciplina que se ocupa de reglamentar estos pasos, y se ocupa de que se atengan a los principios de nomenclatura. Los sistemas de clasificación que nacen como resultado, funcionan como '''contenedores de información''' por un lado, y como '''predictores''' por otro.
 
Una vez que está terminada la clasificación de un taxón, se extraen los [[senoscarácter dediagnóstico|caracteres la mujerdiagnósticos]] de cada uno de sus miembros, y sobre esa base se confeccionan [[clave dicotómica|claves dicotómicas de identificación]], las cuales son utilizadas en la tarea de la determinación o identificación de organismos, que ubica a un organismo desconocido en un taxón conocido del sistema de clasificación dado. La '''Determinación''' o identificación es además la especialidad, dentro de la taxonomía, que se ocupa de los principios de elaboración de las claves dicotómicas y otros instrumentos dirigidos al mismo fin.
 
Las normas que regulan la creación de los sistemas de clasificación son en parte convenciones más o menos arbitrarias. Para comprender estas arbitrariedades (por ejemplo, la [[nomenclatura binominal]] de las especies y la [[Nombre científico#Nombres de los taxones por encima de especie|uninominal]] de las categorías superiores a [[especie]], o también la cantidad de categorías taxonómicas y los nombres de las mismas) es necesario estudiar la historia de la Taxonomía, que nos ha dejado como herencia los [[Nomenclatura (biología)#Códigos Internacionales de Nomenclatura|Códigos Internacionales de Nomenclatura]] a cuyas reglas técnicas deben atenerse los sistemas de clasificación.