Este río recorre una línea de [[falla]] tectónica que limita la región occidental de las Sierras Pampeanas, forma asimismo el llamado sistema del Desaguadero, cuenca fluvial de unos 260.000 km² que abarca la mayor parte de [[Cuyo]] y el oeste de la provincia de [[provincia de La Pampa|La Pampa]]. El cause del Desaguadero en el tramo que delimita a Mendoza de San Luis, su cauce se encuentra encajonado por barrancas de 6 a 8 m de altura teniendo el cauce un ancho de entre 50 y 60 m, pero desde fines del [[siglo XIX]] los caudales que porta son exiguos, esto en parte debido a la sequedad de la región, pero la principal causa es la captura excesiva de las aguas de sus afluentes para el riego en los "oasis" periféricos de las ciudades de [[Ciudad de Mendoza|Mendoza]], [[San Juan (Capital)|San Juan]] y [[San Rafael (Mendoza)|San Rafael]]. Es así que siendo naturalmente el sistema del Desaguadero una cuenca exorreica que aporta sus aguas al Océano Atlántico mediante el río Colorado, a todo lo largo del [[siglo XX]] (salvo raras excepciones) ha resultado una cuenca artificialmente [[Cuenca endorreica|endorréica]] ya que el tramo llamado [[Curacó]] se ha encontrado casi siempre seco desde [[1900]].
