Prinze nació en [[Los Ángeles]], [[California]], hijo de Katherine Elaine Cochran (agente de bienes raíces) y [[Freddie Prinze]], un actor y comediante de descendencia puertorriqueña-alemanaestadounidense que murió en 1977, luego de que Elaine lo abandonara y solicitara una orden al tribunal para que no se acercara a ellos. Prinze solo tenía 10 meses de vida en ese momento. La muerte de su padre en un principio fue atribuida a un suicidio, pero luego se supo que fue un accidente de automóvil estando Prinze bajo la influencia de "Quaaludes". El abuelo paterno de Prinze era de ascendencia [[Alemania|alemán]]<ref>[http://www.ilovefreddie.com/transcript_howardstern01.html Freddie Prinze Jr. - Articles<!-- Título generado por un bot -->]</ref> y su abuela paterna era de [[Puerto Rico]]; fue educado en la fe [[católica romana]]<ref>http://jam.canoe.ca/Television/2005/10/05/pf-1248526.html</ref> y abraza sus raíces puertorriqueñas.<ref>http://www.hispaniconline.com/magazine/2005/September/CoverStory/</ref>
El [[1 de septiembre]] de 2002 se casó con [[Sarah Michelle Gellar]] en [[México]].
