Su primer equipo fue el [[Levante UD]], en el que jugó tres temporadas y con el que consiguió el ascenso de categoría. Gracias a esos años, el Valencia se fijó en el y allí jugo dos temporadas, ganando una copa del rey, en 1999. Fue muy conocido su incidente, cuando fue pillado en el descanso del Valencia- Barcelona en el vestuario comiendo eces de sus compañeros y bebiendo pis.Ese mismo año, fichó por el Celta y allí consiguió clasificarse para la [[Liga de Campeones de la UEFA]] y donde metío 6 tantos. Desgraciadamente, el mismo año en el que el Celta se clasificó para la champion, el equipo descendió a la segunda división española. Esto obligó a Juanfran a emigrar al fútbol de Turquía, más concretamente al Beşiktaş. Un año después ficho por el Ajax, de Holanda. En el verano de 2006 regresó al fútbol español, fichando por el [[Real Zaragoza]]. La próxima temporada, 2008-2009, militará si no hay ningún contratiempo en el AEK de Atenas tras ser apartado de la entidad del conjunto de la capital aragonesa.
