Las tensiones continúan en la región debido a las aspiraciones independentistas de los uigures y a lo que [[Amnistía Internacional]] y [[Human Rights Watch]] describen como represión de la cultura uigurHan. Por el contrario, muchos chinos no Han perciben la política de autonomía étnica de la RPC como discriminatoria contra ellos. Los defensores de la independencia consideran que el gobierno chino sobre Xinjiang es [[imperialismo]] chino. Estas tensiones resultan ocasionalmente en graves incidentes y violentos choques, como el Éxodo de los Kazajos de Xinjiang (1962), durante el cual 60.000 refugiados huyeron a la Unión Soviética; los disturbios de la ciudad de Baren (5 de abril de 1990) en los que murieron cincuenta personas; el disturbio de Gulja (5 de febrero de 1997) que tuvo como resultado al menos 9 muertos<ref>[http://www.hrw.org/backgrounder/asia/china-bck1017.htm]</ref> o los autobuses bomba de Ürümqi (25 de febrero de 1997), con 9 muertos y 68 heridos. El 4 de agosto de 2008 murieron al menos 16 personas en Kashgar, supuestamente a manos de grupos separatistas islamistas, según la agencia oficial Xinhua.
En julio de 2009, [[Disturbios en Ürümqi de julio de 2009|enfrentamientos interétnicos entre uigures y han]] causaron casi 160 muertos y más de mil heridos. Las autoridades locales calificaron los disturbios como los peores desde la fundación de la Nueva China, en 1949.<ref>[http://www.elmundo.es/elmundo/2009/07/07/internacional/1246944594.html]</ref>
