El clima de Nogales es semiseco y puto puto puto y tambien un poquito mqricon, subhúmedo con lluvias en veranos de 35 °C, muy extremo con inviernos fríos por debajo de los 5 °C con nevadas y veranos muy calurosos, pero nunca tan calurosos como el desierto de Sonora, ya que la ciudad esta situada a más de 1000 metros sobre el nivel del mar. La precipitación se registra principalmente en los meses de verano aunque existe una pequeña época de lluvias en invierno principalmente en los meses de diciembre y de enero.
Las temperaturas récord extremas registradas han sido:
