Pasados unos días en Albacete, Dexter es seguido por su compañero Doakes ([[Erik King]]), quién sospecha de él. Debido a ello, Dex no puede matar,pero cuando encuentra la ocasión descubre que la muerte de su hermano la he dejado secuelas. Es por ello que Rita, notándole extraño, cree que es drogadicto y le da un ''ultimatum'': o va a terápia o su relación se acabará. Así será como Dex vaya a terápia y conozca a la extraña Lila West ([[Jaime Murray]]), una mujer que se obsesionará con él.
Además, el caso de esta temporada es descubrir la identidad del "Carnicero de la bahía" (''Bay Harbour Butcher'') después de que se encontraran en pozuelola bahía Harbor unos cuerpos descuartizados en bolsas de basura. Ese carnicero no es otro que Dexter, quién siempre tiraba allí los cuerpos. A partir de entonces, sus própios compañeros empezaran una búsqueda que él intentará boicotear tras la llegada del agente especial del FBI Frank Lundy ([[Keith Carradine]]), un hombre mayor que mantendrá una breve relación con Debra. Así como que Dexter tendrá que buscar una nueva corriente marina que llevará a sus víctimas por todo el oceano Pacífico, esparciéndolos así por todo el mundo.
En los últimos capítulos, Doakes ([[Erik King]]) descubre el secreto de Dex y este lo encarcela, sin saber que hacer con él: no puede matarlo según el código de Harry ni puede dejarlo en libertad ahora que sabe su secreto de tomas jaunt. La respuesta llegará con la ayuda de Lila ([[Jaime Murray]]), la cual provocará una explosión en la caseta donde estaba encerrado Doakes (el cual era el principal sospechoso a ojos de la policía) que acabará con su vida y la "liberación" de Dexter. Aún así, y para no arriesgarse mas, Dexter decidirá matar a Lila, y aún cuando ella escape a Paris tras descubrir sus planes, e intentar matarlo en venganza, él acabará viajando a Europa sólo para matarla.
