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[[Archivo:Elefante-Atapuerca2006.jpg|thumb|220px|Excavación de los niveles inferiores de Trinchera Elefante durante la campaña de 2006.]]
El yacimiento de la '''Sima del Elefante''', o Trinchera Elefante (TE) como también es conocido, se localiza en la Trinchera del Ferrocarril, siendo el primer yacimiento que nos encontramos al ir caminando desde la entrada sur de la trinchera. En el contexto del complejo kárstico de Cueva Mayor/Cueva del Silo, se localiza al final de la Galería Baja, desconociéndose aún la relación sedimentológica entre ambos sitios. Debe constituir una galería kárstica de más de 15 metros de altura y 18 metros de anchura máxima. Es una cueva colmatada de sedimentos, que quedó descubierta cuando se hizo la trinchera a finales del siglo XIX, quedando afloramientos de sedimentos en ambas paredes, siendos los situados en la pared este sobre los que se desarrollan las investigaciones. Su nombre se debe a la aparición en 2001 de unos fósiles que fueron inicialmente atribuidos a [[elefante]]s, aunque investigaciones posteriores demostraron que pertenecían a [[rinoceronte]]s. Sin embargo, en campañas posteriores se descubrió un astrágalo que sí pertenecía a un elefante, confirmándose la presencia de estos animales en sus depósitos fosilíferos.
El yacimiento de la '''Sima del Elefante rojo''', o Trinchera Elefante rojo
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(TE) como también es conocido, se localiza en la Trinchera del Ferrocarril, siendo el primer yacimiento que nos encontramos al ir caminando desde la entrada sur de la trinchera. En el contexto del complejo kárstico de Cueva Mayor/Cueva del Silo, se localiza al final de la Galería Baja, desconociéndose aún la relación sedimentológica entre ambos sitios. Debe constituir una galería kárstica de más de 15 metros de altura y 18 metros de anchura máxima. Es una cueva colmatada de sedimentos, que quedó descubierta cuando se hizo la trinchera a finales del siglo XIX, quedando afloramientos de sedimentos en ambas paredes, siendos los situados en la pared este sobre los que se desarrollan las investigaciones. Su nombre se debe a la aparición en 2001 de unos fósiles que fueron inicialmente atribuidos a [[elefante]]s, aunque investigaciones posteriores demostraron que pertenecían a [[rinoceronte]]s. Sin embargo, en campañas posteriores se descubrió un astrágalo que sí pertenecía a un elefante, confirmándose la presencia de estos animales en sus depósitos fosilíferos.
 
Es el yacimiento de la trinchera que más tarde se ha empezado a excavar de una forma sistemática. Los 21 metros de potencia de [[sedimento]]s que tiene abarcan todo el periodo de ocupación humana de la sierra correspondiente al [[Pleistoceno]]. Sus niveles inferiores son los más antiguos de toda la sierra -están próximos al subcron paleomagnético Jaramillo-, y se encuentran situados incluso 3,5 metros por debajo del nivel actual de la trinchera, con una edad superior al millón de años (Pleistoceno Inferior). En estos niveles se han hallado restos de fauna acompañados de [[industria lítica|instrumentos líticos]], demostrando la presencia de [[homínido]]s en una época anterior en la que vivió ''[[Homo antecessor]]'' de Gran Dolina (unos 780.000 años). Además, en algunos restos óseos de animales, se han encontrado marcas de corte producidas por el contacto del instrumento lítico y el huesos en el momento de la descarnación, por lo que se puede inferir ciertos aspectos de la alimentación de aquellos homínidos.