* '''Protagonista''': Se desconoce su identidad. Lo único que se sabe de él es que quedo atrapado en la Submachine de una forma que desconocemos y que además perdió la memoria, como vimos en "Submachine: Future Loop Fundation". Este personaje trata de escapar de la Submachine y para eso sigue las pistas del ''Dr. Murtaugh'', creador de la Submachine.
* '''Dr. Murtaugh''': A este personaje no lo veremos nunca. Es el creador de la Submachine. ''Murtaugh'' trata de ayudar al protagonista a escapar, dándole las pistas para resolver los puzzles de la Submachine. A este personaje no lo veremos nunca, pero una conversación con él en el laboratorio en "Submachine 4" indica que, aparte del jugador y del mismo ''Murtaugh'', el resto de los humanos en Submachine están muertos o desaparecidos. Es el dueño de las páginas que firmaba como "M", halladas en el primer y segundo juego. Su principal característica, según sus anotaciones, es que perdió un brazo al caerse de una cascada en Kent. Sin embargo, pudo desarrollar una especie de "brazo de karma", que reemplazó al anterior. Para los demás, solo tiene un brazo.
* '''Einstein''': Einstein es un gato muy especial. Su capacidad de aparecer y desaparecer al instante, acompañado de poderes psicológicos imposibles de ver en un gato hacen que el antiguo habitante del faro (Submachine 2) comienze a enloquecer.
* '''El resto de los humanos''': Una conversación con el ''Dr. Murtaugh'' en el laboratorio en "Submachine 4" indica que, aparte del jugador y del mismo ''Murtaugh'', el resto de los humanos en Submachine están muertos o desaparecidos.
